R语言 cellHTS包 imageScreen()函数中文帮助文档(中英文对照)

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imageScreen(cellHTS)
imageScreen()所属R语言包：cellHTS

                                        Experiment-wide quality control plot of a cellHTS object
                                         实验范围内的质量控制一个cellHTS对象图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Experiment-wide quality control plot of a scored cellHTS object.
1拿下cellHTS对象的实验范围内的质量控制图。


用法----------Usage----------


imageScreen(x, ar = 3/5, zrange, map = FALSE, anno)



参数----------Arguments----------

参数：x
a cellHTS object that has already been scored (i.e. containing the slot score).
cellHTS对象，已经取得了（即包含插槽score的）。


参数：ar
the desired aspect ration for the image plot (i.e. number of columns per number of rows)  
影像图所需的长宽比（即每行数列数）


参数：zrange
the range of values to be mapped into the color scale. If missing, zrange will be set to the range of x$score.
被映射到色阶值的范围。如果丢失，zrange将被设置为x$score的范围。


参数：map
a logical value that determines whether an image map should be created using tooltips to indicate the annotation at each position. It only makes sense to set it to TRUE when the function is called from writeReport, so the default is FALSE.
一个逻辑值，决定是否应建立影像图使用工具提示显示在每个位置的注释。很有道理TRUE当函数被调用，所以从writeReport默认FALSE。


参数：anno
optional input giving the annotation information for the mapping. It should be a vector of the same size as x$score. See details.
可选的输入映射的注释信息。它应该是一个同样大小的矢量x$score。查看详情。


Details

详情----------Details----------

This function creates an image plot that gives an overview of the whole set of score values  from the cellHTS object x, x$score. When the annotation mapping is performed, by default, anno is set to:
这个函数创建了一个形象的图，使cellHTS对象x，x$score概述得分值的一整套。注释执行映射时，默认情况下，anno设置为：

The content of x$geneAnno$GeneSymbol (or x$geneAnno$GeneID, if the former is not available), if x is annotated;
x$geneAnno$GeneSymbol（或x$geneAnno$GeneID，如果前者是不可用），x如果注释的内容;

The position within the plate, if x is not annotated yet.
板块内的位置，x如果不注明尚未。


作者（S）----------Author(s)----------


Ligia Braz <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

normalizePlates, summarizeChannels, summarizeReplicates, writeReport
normalizePlates，summarizeChannels，summarizeReplicates，writeReport


举例----------Examples----------


    data(KcViabSmall)
    x <- KcViabSmall   
    x <- normalizePlates(x, normalizationMethod="median", zscore="-")
    x <- summarizeReplicates(x)
    imageScreen(x, zrange=c(-5,5))

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