getMatrix(cellHTS)
getMatrix()所属R语言包:cellHTS
Create a matrix with replicate data in columns
在复制数据列创建一个矩阵
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Given an array of raw or normalized intensities (xraw or xnorm) of a cellHTS object, creates a matrix with the data from the chosen channel.
由于原料或归强度阵列(xraw或xnorm)cellHTS对象,从选择通道的数据创建一个矩阵。
用法----------Usage----------
getMatrix(y, channel=1, na.rm=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:y
an array with four dimensions, such as the slot xraw or xnorm of a cellHTS object.
四个方面,如槽,数组xraw或xnormcellHTS对象。
参数:channel
a numeric value corresponding to the selected channel of y. By default, the first channel (that is, y[,,,1] is considered).
数值对应的y选择的通道。默认情况下,第一通道(也就是说,y[,,,1]被视为)。
参数:na.rm
Logical, indicated if the missing values should be omitted.
逻辑,表示如果缺少的值应该被忽略。
Details
详情----------Details----------
Given as input an array y (e.g., the slot xraw, or xnorm of a cellHTS object) with dimensions nr wells x nr plates x nr replicates x nr channels, this function creates a matrix with the data for the chosen channel. Each replicate corresponds to a column of the output matrix. If na.rm is set to TRUE, only the positions with available values for all the replicates are given in the
鉴于作为输入数组y(例如,插槽xraw或xnorm)cellHTS对象的尺寸nr wells x nr plates x nr replicates x nr channels,这个函数创建一个矩阵所选择的channel的数据。每个复制对应的输出矩阵的列。如果na.rm设置为TRUE,只有所有可用的值的位置复制在
值----------Value----------
A matrix with the same number of columns as the number of replicates (third dimension of y). If na.rm=FALSE (the default), the number of rows of the output matrix is identical to the product between the first two dimensions of y (nr wells x nr plates). If na.rm=TRUE, only the rows with no missing entries in all the replicates (columns) are
一个与矩阵列的重复次数相同数量(y第三维)。如果na.rm=FALSE(默认值),输出矩阵的行数是前两个维度之间的产品相同y(nr wells x nr plates)。如果na.rm=TRUE,只有在所有的复制没有缺少的条目(列)行
作者(S)----------Author(s)----------
Ligia Bras <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>
举例----------Examples----------
data(KcViabSmall)
y <- getMatrix(KcViabSmall$xraw)
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注:
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