R语言 cellHTS包 configure()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

configure(cellHTS)
configure()所属R语言包：cellHTS

                                        Configures the plates and plate result files
                                         配置板和板结果文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Annotate the plates and the plate result files of a given cellHTS object.  
注释的一个给定的cellHTS对象的板和板结果文件。


用法----------Usage----------


configure(x, ...)
## S3 method for class 'cellHTS'
configure(x, confFile, logFile, descripFile, path, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a cellHTS object.
cellHTS对象。


参数：confFile
the name of the configuration file (see details). This argument is just passed on to the read.table function, so any of the valid argument types for read.table are valid here, too. Must contain one row for each well and each batch.
配置文件的名称（见详情）。这种说法只是通过read.table功能，所以任何有效的参数类型为read.table是有效的，在这里，太。每口井和每批都必须包含一个行。


参数：logFile
optional; the name of the screen log file (see details). This argument is just passed on to the read.table function, so any of the valid argument types for read.table are valid here, too.
可选;屏幕log文件的名称（见详情）。这种说法只是通过read.table功能，所以任何有效的参数类型为read.table是有效的，在这里，太。


参数：descripFile
the name of the screen description file (see details). This argument is just passed on to the readLines function, so any of the valid argument types for readLines are valid here, too.
屏幕描述文件的名称（见详情）。这种说法只是通过readLines功能，所以任何有效的参数类型为readLines是有效的，在这里，太。


参数：path
optional; a character of length one indicating the path in which to find the configuration files. Useful when the files are locate in the same directory,  but should be omitted otherwise.
可选;一个字符的长度显示在其中找到配置文件的路径之一。文件在同一目录中找到，但应该被省略，否则很有用。


参数：...
additional parameters - ignored.
额外的参数 - 忽略。


Details

详情----------Details----------

confFileThis file is expected to be a tab-delimited file with at least three columns, and column names Batch, Well and Content. The contents of Batch are expected to be integer.
confFileThis文件预计将用制表符分隔的文件至少有三列，列名Batch，Well和Content。 Batch内容预计为整数。

logFileIf given as an argument, it is expected to be a tab-delimited file with at least three columns, and column names Filename, Well, and Flag. Further columns are allowed.
给予logFileIf作为一个参数，它预计是一个制表符分隔的文件，至少有三列，列名Filename，Well，Flag。进一步列是允许的。

descripFileThis file is the screen description file with general information about the screen.
descripFileThis文件是有关屏幕信息屏幕上的说明文件。

Data from wells that are annotated as empty are ignored and are set to NA in x in slot xraw.  
井空注明的数据被忽略，并且设置为NAx在插槽xraw。


值----------Value----------

An S3 object of class cellHTS, which extends the argument x by the following elements:
S3对象的类cellHTS，延伸x由下列要素参数：


参数：plateConf
a data.frame containing what was read from input file confFile. The number of rows is equal to the product between the number of wells in each plate and the number of batches.
从输入文件confFile读取数据框包含什么。在每个板块和一批批产品之间的井数的行数相等。


参数：screenLog
a data.frame containing what was read from input file logFile.
从输入文件logFile读取数据框包含什么。


参数：screenDesc
object of class character containing what was read from input file descripFile.
character是从读取输入文件descripFile类的对象。

Moreover, the processing status of the cellHTS object is updated in the slot state to state["configured"]=TRUE.
此外，处理cellHTS对象的状态更新插槽statestate["configured"]=TRUE。


参数：wellAnno
object of class factor of length number of plates x number of wells per plate, with possible levels: empty, other, neg, sample, and pos, indicative of the contents of the wells. Other levels may be employed for the positive and negative controls, besides pos and neg.
类对象factor长板的数量x每盘井，可能水平：空的，其他的，NEG，样品，POS机，井的内容指示。其他级别可受聘为阳性和阴性对照，除了POS和NEG。

There are methods print.cellHTS, configure.cellHTS and annotate.cellHTS.
有方法print.cellHTS，configure.cellHTS和annotate.cellHTS。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber <a href="mailto:huber@ebi.ac.uk">huber@ebi.ac.uk</a>, Ligia Braz <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>readPlateData</code>

举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
    datadir <- system.file("KcViabSmall", package = "cellHTS")
    x <- readPlateData("Platelist.txt", "KcViabSmall", path=datadir)
    x <- configure(x, "Plateconf.txt", "Screenlog.txt", "Description.txt", path=datadir)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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