R语言 cellHTS2包 rsa()函数中文帮助文档(中英文对照)

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rsa(cellHTS2)
rsa()所属R语言包：cellHTS2

                                        Perform RSA ranking on the screening results.
                                         执行RSA筛查结果的排名。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The RSA method ranks the resulting hit list of a screening experiment, taking into account the design of the screening library (i.e., multiple probes targeting the same effector molecule).
RSA的方法排名筛选试验的结果命中列表，考虑到筛选库的设计（例如，针对相同的效应分子的多个探针）。


用法----------Usage----------


rsa(x, geneColumn="GeneID", lowerBound=0, upperBound=1, reverse=FALSE, drop=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
Object derived from class cellHTS.
Object派生类cellHTS。


参数：geneColumn
The name of the well annotation column to be used for the grouping of effector molecules and probes.
了很好的注解列的名称将用于分组效应分子和探针。


参数：lowerBound
The lower boundary parameter for the RSA algorithm.
RSA算法的下限参数。


参数：upperBound
The upper boundary parameter for the RSA algorithm.
RSA算法的上边界参数。


参数：reverse
Boolean. Reverse the ranking.
布尔值。逆向排名。


参数：drop
Boolean. Drop all probes from the analysis for which no effector molecule is defined.
布尔值。所有探针的下降，从被定义为无效应分子分析。


Details

详情----------Details----------

The input argument x has to be a cellHTS2 object which has been scored, summarized and annotated. For details on the RSA algorithm please see the publication referenced below.
输入参数x是cellHTS2已拿下的对象，汇总和注释。 RSA算法的详细信息，请参阅参考下面的出版物。


值----------Value----------

A data.frame with the following columns:
一个数据框与下面的列：


参数：Value of argument <code>geneColumn</code>:
the target molecule identifier.
目标分子标识。


参数：Plate:
the plate identifier.
板标识符。


参数：Well:
the well identifier.
良好的标识符。


参数：Score:
the probe score in the screen.
在屏幕上的探针得分。


参数：RSARank:
the computed RSA rank.
计算RSA排名。


参数：ScoreRank:
the rank based on a simple cutoff scheme.
排名基于一个简单的截止计划。


参数：PValue:
the computed RSA $p$-value.
计算RSA $ P $价值。


参数：RSAHit:
the RSA hit flag.
RSA命中标志。


参数：#HitWell:
the number of probes counted as positive RSA hits for a given target molecule.
作为一个特定的目标分子的积极的RSA命中计数探针的数量。


参数：#TotalWell:
the total number of probes for a given target molecule.
对于一个给定的目标分子探针的总人数。


参数：%HitWell:
the percentage of postive hits for a given molecule.
对于一个给定分子的阳性命中百分比。


作者（S）----------Author(s)----------


Florian Hahne <a href="mailto:florian.hahne@novartis.com">florian.hahne@novartis.com</a>



参考文献----------References----------

Angelica Romero, Tobias Bergauer, Anthony Orth, Ute Krueger, Yingyao Zhou &amp; Sumit K Chanda: A probability-based approach for the analysis of large-scale RNAi screens


参见----------See Also----------

cellHTS
cellHTS


举例----------Examples----------



data(KcViabSmall)
KcViabSmall <- scoreReplicates(KcViabSmall, sign="-", method="zscore")
KcViabSmall <- summarizeReplicates(KcViabSmall, summary="mean")
ranking <- rsa(KcViabSmall)
head(ranking)


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