R语言 cellHTS2包 annotate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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annotate(cellHTS2)
annotate()所属R语言包：cellHTS2

                                        Annotates the reagents (probes) of a cellHTS object
                                         注一个cellHTS对象试剂（探针）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Annotate the reagents (probes) of a cellHTS object. In RNAi-screens, there is a often a 1:1 correspondence between reagents and intended target genes, hence in this software package the term gene ID is used as a synonym.
注释cellHTS对象的试剂（探针）。在RNAi屏幕，有1试剂和预期目标基因之间往往1:1的对应关系，因此在这个软件包的术语基因ID被作为同义词使用。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'cellHTS'
annotate(object, geneIDFile, path)



参数----------Arguments----------

参数：object
a cellHTS object.
cellHTS对象。


参数：geneIDFile
the name of the file with the gene IDs (see details).  This argument is just passed on to the read.table function, so any of the valid argument types for read.table are valid here, too. Must contain one row for each well in each plate.
基因标识的文件的名称（见详情）。这种说法只是通过read.table功能，所以任何有效的参数类型为read.table是有效的，在这里，太。必须包含在每盘每口井一行。


参数：path
a character of length 1 indicating the path in which to find the gene annotation file (optional).
一个字符的长度为1表示在其中发现的基因注释文件（可选）的路径。


Details

详情----------Details----------




geneIDFile This file is expected to be a tab-delimited file with at least three columns, and column names Plate, Well and GeneID. The contents of Plate are
geneIDFile预计这个文件是一个制表符分隔的文件，至少有三列，列名Plate，Well和GeneID。 Plate的内容


值----------Value----------

An S4 object of class cellHTS, which is obtained by copying object and updating the following slots:
类cellHTS复制object和更新下面的插槽，这是获得S4对象：


参数：featureData
the contents of the annotation file are stored here.
注释文件的内容都存储在这里。


参数：state
the processing status of the cellHTS object is updated to state["annotated"]= TRUE.
更新cellHTS的state["annotated"]= TRUE对象的处理状态。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber, Ligia Bras



参考文献----------References----------

screens, Genome Biology 7, R66.

参见----------See Also----------

readPlateList, configure
readPlateList，configure


举例----------Examples----------



    datadir <- system.file("KcViabSmall", package = "cellHTS2")
    x <- readPlateList("Platelist.txt", path=datadir, name="KcViabSmall")
    x <- configure(x, "Description.txt", "Plateconf.txt", "Screenlog.txt", path=datadir)
    x <- annotate(x, "GeneIDs_Dm_HFAsubset_1.1.txt", path=datadir)


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