R语言 Category包 MAPAmat()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MAPAmat(Category)
MAPAmat()所属R语言包：Category

                                        Mapping chromosome bands to genes
                                         基因染色体带映射

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These functions return a mapping of chromosome bands to genes. makeChrBandGSC returns a GeneSetCollection object, with a GeneSet for each band. The other functions return a 0/1 incidence matrix with a row for each chromosme band and a column for each gene.  Only those chromosome bands with at least one gene annotation will be included.
这些函数返回一个映射到基因染色体带。 makeChrBandGSC返回一个GeneSetCollection对象，GeneSet为每个波段。其他函数返回一个0/1的发病率与一排每个chromosme带矩阵和一列，每个基因。只有那些至少有一个基因注释染色体带将包括在内。


用法----------Usage----------


MAPAmat(chip, univ = NULL, minCount = 0)
chrBandInciMat(chip, univ = NULL, minCount = 0)
makeChrBandInciMat(chrGraph)
makeChrBandGSC(chrGraph)



参数----------Arguments----------

参数：chip
A string giving the annotation source.  For example, "hgu133plus2"
一个字符串，给出注释的源。例如，"hgu133plus2"


参数：univ
A vector of gene IDs (these should be Entrez IDs for most annotation sources).  The the annotations will be limited to those in the set specified by univ.  If univ is NULL (default), then the gene IDs are those found in the annotation data source.
向量的基因标识（这些应该是最标注来源为Entrez的标识）。的说明，将仅限于那些在univ指定的集合。如果univ是NULL（默认），然后基因标识注释数据源的发现。


参数：chrGraph
A graph object as returned by makeChrBandGraph
一个graphmakeChrBandGraph对象作为返回


参数：minCount
Bands with less than minCount genes will be excluded from the returned matrix.  If minCount is 0, no bands will be removed, this is the default.
少于minCount基因的乐队，将被排除在返回的矩阵。 minCount如果是0，没有带将被删除，这是默认的。


Details

详情----------Details----------

chrBandInciMat is a DEPRECATED alias for MAPAmat.
chrBandInciMat是MAPAmat过时的别名。


值----------Value----------

For makeChrBandGSC, a GeneSetCollection object with a GeneSet for each band.
makeChrBandGSC，GeneSetCollectionGeneSet为每个波段的对象。

For the other functions, (0/1) incidence matrix with chromosome bands as rows and gene IDs as columns.  A 1 in m[i, j] indicates that the chromosome band rownames(m)[i] contains the geneID colnames(m)[j].
对于其他的功能，（0/1）与关联矩阵的行和列的基因标识的染色体带。一个1“m[i, j]指出，染色体带rownames(m)[i]包含的geneID的colnames(m)[j]。


作者（S）----------Author(s)----------


Seth Falcon, Michael Lawrence



参见----------See Also----------

makeChrBandGraph, cateGOry, probes2MAP
makeChrBandGraph，cateGOry，probes2MAP


举例----------Examples----------


have_hgu95av2.db <- suppressWarnings(require("hgu95av2.db"))
if (have_hgu95av2.db)
   mam <- MAPAmat("hgu95av2.db")

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