R语言 TSEN包 TSEN()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

TSEN(TSEN)
TSEN()所属R语言包：TSEN

                                         Sentinel target peaks from two-dimensional chromatogram
                                         从两维色谱前哨目标化合物峰

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function assign and integrate target peaks in two-dimentional chromatogram.
此功能分配和整合目标在二维色谱峰。


用法----------Usage----------


TSEN(TSENdata, database, countMS, phase.shift, search.factor, HR.wide.order, HR.wide.order.fluc, MPeriod, MSthrethold,inicutRT, endcutRT )



参数----------Arguments----------

参数：TSENdata
Name of the netCDF file which containing GC x GC-HRTOFMS data.
NetCDF文件，其中包含的GC x的GC-HRTOFMS数据的名称。


参数：database
Name of the csv file which containing list of target compounds for search.
csv文件中的搜索列表中的目标化合物的名称。


参数：countMS
The number of MS counting for searching/assignment of target compound.
搜索/赋值目标化合物的MS计数。


参数：phase.shift
The degree of modification of start signal timing.
开始信号定时的变形程度。


参数：search.factor
The degree of search range of target compound in the chromatogram.
色谱图中的目标化合物的搜索范围的程度。


参数：HR.wide.order
The decimal point position in accurate mass which is used for assingment.
小数点位置准确的质量用于assingment。


参数：HR.wide.order.fluc
The tolerable degree of m/z fluctuation in the last digit which decided by the setting of HR.wide.order.
的m / z的波动的容许程度决定由HR.wide.order设置的最后一位数字。


参数：MPeriod
The modulation time period.
的调制时间内。


参数：MSthrethold
The minimum threshold of intensity of ions for searching/assignment of target compound.
搜索/赋值目标化合物的离子强度的最低阈值。


参数：inicutRT
The setting of initial time (min) for conducting data analysis. It should be smaller than the (RT of target compounds) but larger than minimum RT in the chromatogram.
设置初始时间（分钟）进行数据分析。它应该是小于的（RT目标化合物），但大于最小RT在色谱图中。


参数：endcutRT
The setting of cut time (min) from end RT for conducting data analysis. It should be smaller than (end RT) -  (the RT of target compounds).
从端RT的切削时间（分）的设置，进行数据分析。它应该是小于（月底RT） - （对目标化合物的RT）。


值----------Value----------

The values are summarised in csv file created in "Document" folder (working directory). The jpeg file of TIC and combined EIC are also created.
概括在“文档”文件夹（目录）中创建的CSV文件。旅游业议会和联合EIC的JPEG文件也会被创建。


（作者）----------Author(s)----------



Yasuyuki ZUSHI




实例----------Examples----------


library(ncdf)
data(database.dat)
cdf.dat <- 1

#Beware that file will be downloaded from the Internet, if executing the following 3 lines. Check that you are online.[当心，文件将被从互联网上下载，如果执行以下3条线路。请检查您是否在线。]

#web_download1 &lt;- "http://www.nies.go.jp/analysis/downloads/demo_data_stdPCDD_DFs.cdf"[web_download1 < - “http://www.nies.go.jp/analysis/downloads/demo_data_stdPCDD_DFs.cdf”]
#download.file(url=web_download1,destfile="demo_data_stdPCDD_DFs.cdf",mode="wb")[download.file（URL = web_download1，destfile =的“demo_data_stdPCDD_DFs.cdf”，模式=“WB”）]
#cdf.dat &lt;- open.ncdf("demo_data_stdPCDD_DFs.cdf",write=TRUE )[ -  open.ncdf cdf.dat <（“demo_data_stdPCDD_DFs.cdf”，写= TRUE）]


TSEN(TSENdata=cdf.dat,database=database.dat,countMS=1,HR.wide.order=1,HR.wide.order.fluc=1, inicutRT=0, endcutRT=0 ) #The wide window of m/z = 0.1 * 1 = 0.1[为m / z = 0.1 * 1 = 0.1的宽的窗口]


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