R语言 Category包 KEGGHyperGParams-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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KEGGHyperGParams-class(Category)
KEGGHyperGParams-class()所属R语言包：Category

                                        Class "KEGGHyperGParams" and "PFAMHyperGParams"
                                         “KEGGHyperGParams类”和“PFAMHyperGParams”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Parameter classes for representing all parameters needed for running the hyperGTest method with KEGG or PFAM as the category.
代表KEGG或PFAM的运行类别hyperGTest方法所需的所有参数的参数类。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("KEGGHyperGParams", ...) or  new("PFAMHyperGParams", ...).
对象可以创建的形式new("KEGGHyperGParams", ...)或new("PFAMHyperGParams", ...)的检测。


插槽----------Slots----------




geneIds: Object of class "ANY": A vector of gene identifiers.  Numeric and character vectors are probably the only things that make sense.  These are the gene ids for the
geneIds：Object类的"ANY"：一个基因标识的向量。数字和字符向量可能是唯一有意义的事情。这些都为基因IDS




universeGeneIds: Object of class "ANY": A vector of gene ids in the same format as geneIds defining a subset of the gene ids on the chip that will be used as the universe for the hypergeometric calculation.  If this is NULL or has length zero, then all gene ids on the chip will
universeGeneIds：对象类"ANY"：在相同的格式为geneIds基因标识的一个子集上定义的芯片将用于宇宙超几何向量的基因IDS计算。如果这是NULL或长度为零，然后在芯片上的所有基因IDS会




annotation: A string giving the name of the
annotation：一个字符串，给出的名称




cateogrySubsetIds: Object of class "ANY": If the test method supports it, can be used to specify a subset of category ids to include in the test instead of all possible
cateogrySubsetIds：Object类的"ANY"：如果测试方法支持它，可以用来指定类别ID的一个子集，包括在测试，而不是所有可能的




categoryName: A string describing the category. This will be automatically set to "KEGG" or "PFAM" via the
categoryName：一个描述类的字符串。这将自动设置为“KEGG”或“PFAM”通过




pvalueCutoff: The p-value to use as a cutoff for significance for testing methods that require it.  This value will also be passed on to the result instance and used for
pvalueCutoff：P-值测试方法需要它作为一个重要的截止使用。此值也将被传递到的结果实例，用于




testDirection: A string indicating whether the test should be for overrepresentation ("over") or
testDirection：一个字符串，指示测试是否应该为比例过高（"over"）或


延伸----------Extends----------

Class "HyperGParams", directly.
类"HyperGParams"，直接。


方法----------Methods----------




hyperGTest signature(p = "HyperGParams"): Perform hypergeometric tests to assess overrepresentation of category ids in the gene set.  See the documentation for the generic function for details.  This method must be called with a proper subclass of
hyperGTestsignature(p = "HyperGParams")：执行超几何测试，以评估基因组中的类别ID的比例过高。看到文件的详细信息，泛型函数。此方法必须有一个适当的子类被称为


作者（S）----------Author(s)----------


S. Falcon



参见----------See Also----------

HyperGResult-class GOHyperGParams-class geneKeggHyperGeoTest hyperGTest
HyperGResult-classGOHyperGParams-classgeneKeggHyperGeoTesthyperGTest

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