R语言 Category包 geneGoHyperGeoTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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geneGoHyperGeoTest(Category)
geneGoHyperGeoTest()所属R语言包：Category

                                        Hypergeometric Tests for GO (DEFUNCT)
                                         转到超几何试验（已倒闭）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is defunct.  Use hyperGTest instead.
这个功能是不存在。使用hyperGTest代替。


用法----------Usage----------


geneGoHyperGeoTest(entrezGeneIds, lib, ontology, universe=NULL)



参数----------Arguments----------

参数：entrezGeneIds
A vector of Entrez Gene Identifiers
Entrez基因标识的向量


参数：lib
A string giving the name of the annotation data package to use.  This must correspond to the microarray chip type that the data came from
一个字符串，给出注释的数据包使用的名称。这必须符合基因芯片类型，该数据来自


参数：ontology
One of "BP", "CC", or "MF" used to determine which GO ontology to use.
“BP”，“抄送”或“MF”，用于确定使用的本体之一。


参数：universe
A character vector of unique Entrez Gene identifiers. This is the population (the urn) of the Hypergeometric test.  When NULL (default), the population is all Entrez Gene ids in the annotation package that have a GO term annotation in the specified GO category (see details).
一个独特的Entrez基因标识符的字符向量。这是一个人口超几何测试（瓮）。当NULL（默认），人口中的所有批注包Entrez基因IDS有一个GO在指定的GO类别的术语注释（见详情）。


Details

详情----------Details----------

The Entrez Gene ids given in entrezGeneIds define the selected set of genes.  The universe of Entrez Gene ids is determined by the chip annotation data package (lib) or specified by the universe argument which must be a subset of the Entrez Gene ids represented on the chip.  Both the selected genes and the universe are reduced by removing Entrez Gene ids that do not have any annotations in the specified GO category.
Entrez基因在entrezGeneIds定义选定的一组基因标识。 Entrez基因IDS的宇宙是由芯片标注的数据包（lib）或universe参数必须是Entrez基因芯片为代表的IDS的一个子集指定。双方选定的基因和宇宙的减少消除Entrez基因标识，没有在指定好类别的任何注释。

For each GO term in the specified category that has at least one annotation in the selected gene set (entrezGeneIds), we determine how many of its Entrez Gene annotations are in the universe set and how many are in the selected set.  With these counts we perform a Hypergeometric test using phyper.  This is equivalent to using Fisher's exact test.
对于每个在指定的类别中至少有一个在选定的基因组的注释（entrezGeneIds），我们确定其Entrez基因注释中，有多少是在宇宙中集，并在选定的一组有多少好任期。根据这些记录，我们执行超几何的测试，使用phyper。这相当于使用Fisher精确检验。

It is important that the correct chip annotation data package be identified as it determines the GO term to Entrez Gene id mapping as well as the universe of Entrez Gene ids in the case that the 'universe' argument is omitted.
重要的是确定正确的芯片注解数据包，因为它决定去术语Entrez基因ID映射以及宇宙Entrez基因IDS的情况下，宇宙的说法省略。

For S. cerevisiae if the 'lib' argument is set to "org.Sc.sgd" then comparisons and statistics are computed using common names and are with respect to all genes annotated in the S. cerevisiae genome not with respect to any microarray chip.  This will not be the right thing to do if you are working with a yeast microarray.
对酿酒酵母的lib的说法是，如果设置为"org.Sc.sgd"然后比较和统计计算使用的通用名称和所有基因在酿酒酵母基因组的注释，不与任何微阵列芯片。这会不会是正确的事做，如果你是用酵母基因芯片的工作。


值----------Value----------

A HyperGResult-class instance.
一个HyperGResult-class实例。


作者（S）----------Author(s)----------


S. Falcon



参见----------See Also----------

HyperGResult-class HyperGParams-class geneKeggHyperGeoTest hyperGTest
HyperGResult-classHyperGParams-classgeneKeggHyperGeoTesthyperGTest

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