R语言 Category包 ChrMapLinearMParams-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ChrMapLinearMParams-class(Category)
ChrMapLinearMParams-class()所属R语言包：Category

                                        Class "ChrMapLinearMParams"
                                         类“ChrMapLinearMParams”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class encapsulates parameters needed for testing systematic variations in some gene-level statistic by chromosome bands using linearMTest.
这个类封装测试染色体使用linearMTest乐队的一些基因水平的统计系统的变化所需要的参数。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("ChrMapLinearMParams", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("ChrMapLinearMParams", ...)。


插槽----------Slots----------




graph: Object of class "graph".  The nodes are the chromosome bands and the edges describe the tree structure of the bands.  Each node has a "geneIds" node attributes (see nodeData) which contains a vector of gene IDs annotated at
graph类"graph"的对象。节点的染色体带和边缘描述的树结构的乐队。每个节点都有一个“geneIds”节点属性（见nodeData），其中包含的基因标识向量注明




conditional: Object of class "logical", indicating whether the test performed should be a conditional
conditional：Object类的"logical"，表明测试是否应该是有条件的




gsc: The GeneSetCollection object grouping the gene ids into sets.
gsc：GeneSetCollection对象组合成集基因标识。




geneStats: Named vector of class "numeric",
geneStats：命名类向量"numeric"




universeGeneIds: Object of class "ANY": A vector of gene ids defining a subset of the gene ids on the chip that will be used as the universe for the hypergeometric calculation.  If this is NULL or has length zero, then all
universeGeneIds：Object类的"ANY"：一个向量基因IDS的定义上的芯片将使用超几何计算宇宙的基因标识的一个子集。如果这是NULL或有长度为零，则所有




annotation: A string giving the name of the
annotation：一个字符串，给出的名称




datPkg: Object of class "DatPkg" used to assist
datPkg：Object类的"DatPkg"用来协助




categorySubsetIds: Object of class "ANY": If the test method supports it, can be used to specify a subset of category ids to include in the test instead of all possible
categorySubsetIds：Object类的"ANY"：如果测试方法支持它，可以用来指定类别ID的一个子集，包括在测试，而不是所有可能的




categoryName: A string describing the category. Usually set automatically by subclasses.  For example
categoryName：一个描述类的字符串。一般自动设置子类。例如




pvalueCutoff: The p-value to use as a cutoff for significance for testing methods that require it.  This value will also be passed on to the result instance and used for display and
pvalueCutoff：P-值测试方法需要它作为一个重要的截止使用。此值也将被传递到的结果实例，用于显示和




minSize: An integer giving a minimum size for a gene
minSize：一个整数，一个基因的最小尺寸




testDirection: A string indicating whether the test should test for systematic increase ("up") or decrease ("down") in the geneStats values within a gene set
testDirection：一个字符串，指示测试是否应该测试系统增加（"up"）或减少"down"值（geneStats）在基因组


延伸----------Extends----------

Class "LinearMParams", directly.
类"LinearMParams"，直接。


作者（S）----------Author(s)----------


Deepayan Sarkar



参见----------See Also----------

linearMTest
linearMTest


举例----------Examples----------


showClass("ChrMapLinearMParams")

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注：
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