R语言 trio包 trio.permTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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trio.permTest(trio)
trio.permTest()所属R语言包：trio

                                         Permutation Tests for Trio Logic Regression
                                         排列三重奏逻辑回归测试

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Performs either a null-model or a conditional permutation test for a trio logic regression analysis.
执行一个空三重奏逻辑回归分析模型或有条件的置换检验。


用法----------Usage----------


trio.permTest(object, conditional = FALSE, n.perm = 10, nleaves = NULL,
   control = NULL, rand = NA)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class trioLR, i.e. the output of the function trioLR. This object must be the result of a trio logic regression analysis in which a single model has been fitted (i.e. in trioLR, search must have been set to "sa" and nleaves must have been a single integer).  
类的一个对象trioLR，即输出的功能trioLR。这个对象必须是三重奏逻辑回归分析的结果，在一个单一的模式已经装上（即在trioLR，search必须被设置为"sa"和nleaves必须是一个整数）。


参数：conditional
should the conditional permutation test be performed? If FALSE, a null-model permutation test is done analogously to the null-model permutation test for a standard logic regression for population-based data implemented in the function logreg of the R package LogicReg. If TRUE, a test analogous to the conditional  permutation test for a standard logic regression is performed.  
应在有条件的排列进行测试？如果FALSE的，一个空模型置换检验进行类似的空模型的置换检验的标准以人口为基础的数据的功能实现逻辑回归logregR包LogicReg。如果TRUE，进行类似的条件置换检验的标准逻辑回归测试。


参数：n.perm
integer specifying the number of permutations.  
整数，指定的排列数。


参数：nleaves
integer specifying the maximum number of leaves that the logic tree in the trio logic regression model is allowed to have. If NULL, the maximum number of leaves saved in object is used.  
整数，指定在三重奏的逻辑回归模型的逻辑树的叶子，允许有最大数量的。如果NULL，叶片的最大数目保存在object使用。


参数：control
a list containing the control parameters for the search algorihms and the logic tree considered in trioLR, where the parameters for an MCMC run and the logic tree are ignored. If NULL (i.e. by default), the same values for the parameters are used that have been employed in the original analysis with trioLR. If other values should be used, it is highly recommended to specify control by employing lrControl.  
的列表中包含的控制参数的的搜索algorihms和所述逻辑树考虑在trioLR，其中的参数MCMC的运行和所述逻辑树被忽略的。如果NULL（即默认情况下），相同的参数值已在原有的分析与trioLR。如果其他值应该被使用，我们强烈建议指定control采用lrControl的。


参数：rand
an integer. If specified, the random number generator will be set into a reproducible state.  
一个整数。如果指定，随机数生成器将被设置成一个可重复的状态。


值----------Value----------

A list consisting of
列表


参数：origScore
NA, if conditional = FALSE, and otherwise, the score, i.e.\ the value of the partial likelihood,  of the original model saved in object </table>
NA如果conditional = FALSE，和其他的得分，即\的价值部分的可能性，原来的模型保存在object </表>

,
，


参数：permScore
a vector of length n.perm containing the scores for the trio logic regression models built in the iterations of the permutation test.
的向量长度n.perm含三人逻辑回归模型建在迭代的置换测试的分数。


（作者）----------Author(s)----------



Qing Li, <a href="mailto:mail2qing@yahoo.com">mail2qing@yahoo.com</a>. Modified by Holger Schwender.




参考文献----------References----------

and Ruczinski, I. (2010). Detection of SNP-SNP Interactions in Trios of Parents with Schizophrenic Children. Genetic Epidemiology, 34, 396-406.

参见----------See Also----------

trioLR
trioLR

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注：
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