R语言 trio包 print.colGxE()函数中文帮助文档(中英文对照)

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print.colGxE(trio)
print.colGxE()所属R语言包：trio

                                         Printing and Storing of colGxE objects
                                         打印和存储colGxE对象的

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prints the statistics computed with colGxE. getGxEstats generates a data frame containing these statistics.
Print的统计计算与colGxE。 getGxEstats生成包含这些统计数据框。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'colGxE'
print(x, top = 5, digits = 4, onlyGxE = FALSE, ...)

getGxEstats(x, top = NA, sortBy = c("none", "gxe", "lrt2df", "wald2df", "lrt1df", "g"))



参数----------Arguments----------

参数：x
an object of class colGxE, i.e. the output of the function colGxE.  
类的一个对象colGxE，即输出的功能colGxE。


参数：top
number of top interactions that should be printed or stored in a data frame. If top is set to NA, 0,  or to a value that is negative of larger than the number of interactions, then the statistics for all interactions are printed or stored in the same order as they were in the genotype matrix mat.snp used in colGxE. Otherwise,  the top interactions with the smallest p-values are printed or stored, where print uses the p-values of the GxE effect to order the interactions, while in generateGxEstats the p-values of test specified by sortBy are employed. Ignored if sortBy = "none".  
应打印或存储在一个数据框中的最佳的相互作用的数量。如果top被设置成NA，0，或到一个值，该值是负的，相互作用的数量大于，那么所有的相互作用的统计信息被印刷或以相同的顺序存储在因为他们的基因型矩阵mat.snp用于colGxE。否则，top相互作用与最小的p-值被打印或存储，其中print使用的p-值的GXE效果的订购的相互作用，而在generateGxEstats的p-值测试指定的sortBy。如果忽略sortBy = "none"。


参数：onlyGxE
logical indicating whether only the statistics for the parameter of the GxE interaction should be printed. If FALSE, the statistics for both parameters in the model as well as the odds ratios for the exposed trios and statistics for the 2 df likelihood ratio test and the 2 df Wald test (if these odds ratios and statistics were computed by colGxE) are shown.  
逻辑指示是否只应打印的统计参数的GXE相互作用。如果FALSE“的统计数据，这两个参数以及模型中的胜算比为公开的三重奏和统计2 DF似然比检验和DF Wald检验（如果这些比值比和统计计算方法colGxE）所示。


参数：digits
number of digits that should be printed.
应打印的数字。


参数：...
ignored.
忽略不计。


参数：sortBy
character string specifying by the p-value of which test the SNPs should be sorted. If "none" (default), the SNPs are not sorted and the SNPs are in the same order as in the genotype matrix used to specify mat.snp in colGxE.
通过p-值，其中测试的单核苷酸多态性的字符串特别指定应进行排序。 "none"如果（默认），单核苷酸多态性是没有排序的SNP位点的基因型矩阵是相同的顺序使用指定mat.snpcolGxE。


（作者）----------Author(s)----------



Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>




参考文献----------References----------

Rapid Testing of SNPs and Gene-Environment Interactions in Case-Parent Trio Data Based on  Exact Analytic Parameter Estimation. Biometrics. DOI: 10.1111/j.1541-0420.2011.01713.x.

参见----------See Also----------

colGxE
colGxE

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