R语言 CAMERA包 xsAnnotate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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xsAnnotate(CAMERA)
xsAnnotate()所属R语言包：CAMERA

                                        xsAnnotate constructor for an provided xcmsSet object
                                         为一个提供xcmsSet对象xsAnnotate构造

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function deals with the construction of an xsAnnotate object. It extracts the peaktable from a provided xcmsSet, which is used for all further analysis. The xcmsSet can be a single sample or multiple sample experiment. Since some functions needs the raw data a selection algorithm must be choosen in the case of a multiple sample. CAMERA includes two different strategies: A defined selection of samples (sample = indices of samples) or the default automatic solution (sample = NA).  The automatic solution chooses the best sample for a specifc groups called pseudospectrum, see groupFWHM and groupCorr. It returns a xsAnnotate object, see xsAnnotate-class.
此功能涉及与建设一个xsAnnotate对象。它提取从提供的xcmsSet，这是所有进一步的分析peaktable。 xcmsSet可以是单个样品或多个样品实验。由于一些职能需要的原始数据，供用户选择，在选择算法的多个样本的情况下。相机包括两种不同的策略：定义的选择的样本（样本=指数样本）或默认的自动解决方案（样本= NA）的。自动的解决方案，选择最佳的样本，称为伪谱1 specifc组，看到groupFWHM和groupCorr“。它返回一个xsAnnotate对象，见xsAnnotate级。


用法----------Usage----------


  xsAnnotate(xs = NULL, sample=NA, nSlaves = 1, polarity = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：xs
a xcmsSet object
xcmsSet对象


参数：sample
Indices of the group xcmsSet sample, that are used for the EIC correlation step. For automatic selection don't set a value. For use all samples simply define sample = c(1:n), with n = number of samples.  
指数组xcmsSet示例，用于三电相关步骤。对于自动选择不设置一个值。使用的所有样本，简单地定义样本= C（1：N），n为样本数。


参数：nSlaves
For parallel mode set nSlaves higher than 1, but not higher than the number of cpu cores.  
为并行模式集nSlaves高于1，但不高于CPU核心的数量。


参数：polarity
Set polarity mode: "positive" or "negative"  
设置极性模式：“积极”或“负”


值----------Value----------

A xsAnnotate object.
一个xsAnnotate对象。


作者（S）----------Author(s)----------


Carsten Kuhl,
<a href="mailto:ckuhl@ipb-halle.de">ckuhl@ipb-halle.de</a>



参见----------See Also----------

xsAnnotate-class
xsAnnotate-class


举例----------Examples----------


library(faahKO)
xs <- group(faahko)
xsa <- xsAnnotate(xs, sample=c(1:12))

#With automatic selection[具有自动选择]
xsa.autoselect <- xsAnnotate(xs)

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