R语言 CAMERA包 getIsotopeCluster()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getIsotopeCluster(CAMERA)
getIsotopeCluster()所属R语言包：CAMERA

                                        Retrieve the annotatad isotopes
                                         检索annotatad同位素

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Extract all annotated isotope cluster. Returns a list with one element per cluster. A element contains the charge of the molecule and a peakmatrix with mz and intensity value.
提取所有注明同位素聚类。返回每一个聚类元素一个列表。一个元素包含分子和MZ和强度值peakmatrix负责。


用法----------Usage----------


  getIsotopeCluster(object, number=NULL, value="maxo")



参数----------Arguments----------

参数：object
xsAnnotate object
xsAnnotate对象


参数：number
Set to NULL extract all isotope cluster or to specific choosen ones  
设置为NULL提取所有的同位素聚类或特定所选的


参数：value
Which intensity values should be extracted. Allowed values are: maxo, into, intb
它的强度值应提取。允许的值是：maxo，转入INTB


Details

详情----------Details----------

This method extract the isotope annotation from a xsAnnotate object. The order of the resulting list is the same as the one in the peaklist, see getPeaklist. In the case of a multiple sample the intensity value for a peak is retrieved from the sample, which has been choosen for the pseudospectra in the grouping step.
这种方法提取同位素注解从xsAnnotate对象。结果列表的顺序是相同的，作为一个在peaklist，看到getPeaklist。在多个样品的情况下，峰值强度值是取自的样本，已在分组一步的伪谱choosen。


作者（S）----------Author(s)----------


Carsten Kuhl <ckuhl@ipb-halle.de>



举例----------Examples----------


  #single sample[单一样本]
  library(CAMERA)
  file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA")
  xs   <- xcmsSet(file, method="centWave", ppm=30, peakwidth=c(5,10))
  an   <- xsAnnotate(xs)
  an   <- groupFWHM(an)
  an   <- findIsotopes(an)
  isolist <- getIsotopeCluster(an)
  isolist[[10]] #get IsotopeCluster 10[获得IsotopeCluster 10]

  #multiple sample[多个样本]
  library(faahKO)
  xs <- group(faahko)
  xs <- fillPeaks(xs)
  an   <- xsAnnotate(xs)
  an   <- groupFWHM(an)
  an   <- findIsotopes(an)
  isolist <- getIsotopeCluster(an)

  ##Interaction with Rdisop[＃与Rdisop互动]
## Not run: [＃无法运行：]
  library(Rdisop)
  isotopes.decomposed <- lapply(isolist,function(x) {
    decomposeIsotopes(x$peaks[,1],x$peaks[,2],z=x$charge);
  }) #decomposed isotope cluster, filter steps are recommended[分解同位素聚类，过滤步骤建议]

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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