trex(trex)
trex()所属R语言包：trex
Truncated Exact Test
被截断的精确测试
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Truncated exact test for two-stage case-control designs for evaluating rare genetic variants
截断精确测试两个阶段的情况下，控制设计评估罕见的遗传变异
用法----------Usage----------
trex(tab32, threshold=2)
## S3 method for class 'trex':
print(x, ...)
参数----------Arguments----------
参数：tab32
A matrix of integer counts of cases and controls with 3 rows and 2 columns. Rows are: stage-1 cases, stage-2 cases, and stage-2 controls. Columns are carrier status of any rare genetic variants (yes in first column, no in second column)
整数计数的病例与对照组有3行2列的矩阵。行是：阶段1的情况下，阶段2和阶段2的情况下，控制。列是承运人身份的任何罕见的遗传性变异（在第一列，没有在第二列）
参数：threshold
Total number of cases at stage-1 that carry any rare variants required to continue to stage-2.
在阶段1的情况下，进行任何罕见的变异，需要继续到阶段2的总数。
参数：x
An object of trex class, returned from the trex() function.
一个对象的TREX类，TREX（）函数返回。
参数：...
Miscellaneous parameters for the print method
其它参数打印方法
Details
详细信息----------Details----------
The two-stage design uses diseased cases to screen for rare variants at stage-1, then compares the frequency of variants among all cases versus controls at stage-2 by an exact test that corrects for the stage-1 ascertainment.
这两个阶段的设计-1阶段的罕见的变异屏幕使用病变的情况下，然后比较频率的变体之间的所有情况下，与对照组相比，在阶段2由一个精确的测试，校正的阶段1认定。
值----------Value----------
A trex class object with components: <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>tab32</td> <td> The 3x2 matrix passed to trex </td></tr> <tr valign="top"><td>threshold</td> <td> The treshold value passed to trex </td></tr> <tr valign="top"><td>probExcluded</td> <td> Null probability of excluded 3x2 tables </td></tr> <tr valign="top"><td>chistat</td> <td> Chi-square test statistic </td></tr> <tr valign="top"><td>chi2</td> <td> Two-sided chi-square test exact p-value </td></tr> <tr valign="top"><td>chi1</td> <td> One-sided chi-square test exact p-value </td></tr> <tr valign="top"><td>fisher2</td> <td> Two-sided Fisher's Exact test p-value </td></tr> <tr valign="top"><td>fisher1</td> <td> One-sided Fisher's Exact test p-value </td></tr> </table>
一个的TREX类对象的组件：<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> tab32 </ TD> <TD> 3x2矩阵传递给TREX </ TD> < / TR> <tr valign="top"> <TD> threshold </ TD> <TD>传输安全值传递给TREX </ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD >probExcluded</ TD> <TD>排除3x2的表空的概率</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> chistat</ TD> <TD>卡方检验统计量</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>chi2 </ TD> <TD>双面卡方检验精确的p值</ TD > </ TR> <tr valign="top"> <TD>chi1 </ TD> <TD>单面卡方检验精确的p值</ TD> </ TR> <TR VALIGN =“”> <TD>fisher2 </ TD> <TD>双面Fisher的精确检验P值</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> X> </ TD> <TD>单面Fisher的精确检验P值</ TD> </ TR> </ TABLE>
源----------Source----------
Schaid DJ, Sinnwell JP, "Two-Stage Case-Control Designs for Rare Genetic Variants". Hum Genetics. Published online, 30 Mar 2010.
Schaid DJ，Sinnwell JP，“两阶段”罕见的遗传变异病例对照设计。哼遗传学。线上发表于2010年3月30日。
实例----------Examples----------
## Example 1[＃示例1]
tab11 <- cbind(c(2,1,8), c(46,46,98))
out11 <- trex(tab11, threshold=2)
print.trex(out11)
## Example 2[＃示例2]
tab10 <- cbind(c(8, 0, 2), c(92, 0, 98))
out10 <- trex(tab10, threshold=2)
print(out10)
out10.t4 <- trex(tab10, threshold=4)
out10.t4
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 11:55:46
