R语言 TreeSim包 sim.bd.age()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sim.bd.age(TreeSim)
sim.bd.age()所属R语言包：TreeSim

                                        sim.bd.age: Simulating birth-death trees of a fixed age
                                         sim.bd.age：模拟生灭树一个固定的年龄

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

sim.bd.age simulates trees conditioned on (i) the time since origin or (ii) the time since the most recent common ancestor of the extant tips under the constant rate birth-death process. The method allows for incomplete sampling: only a fixed fraction of all tips is included in the sampled tree. The method assumes constant birth and death rates, or allows for a density-dependent birth rate.
sim.bd.age模拟树木，条件是：（一）原产地或（ii）的时间，因为时间，因为现存的提示下的恒定速率生灭过程的最近的共同祖先。该方法允许不完整的采样：在采样的树只有一个固定比例的所有提示。该方法假设恒定的出生率和死亡率，或允许的密度相关的出生率。


用法----------Usage----------


sim.bd.age(age, numbsim, lambda, mu, frac = 1, mrca = FALSE,
complete = TRUE, K = 0)



参数----------Arguments----------

参数：age
Time since origin / most recent common ancestor
产地/时间，因为最近的共同祖先


参数：numbsim
Number of trees to simulate
树木的数量模拟


参数：lambda
Speciation rate
形态率


参数：K
If K=0, then lambda is constant. If K>0, density-dependent speciation is assumed, with speciation rate lambda(1-m/K) when there are m extant species.
如果K = 0，则λ是常数。如果K> 0，密度依赖的形态假设，与形态率λ（1米/ K），当有m个现存物种。


参数：mu
Extinction rate
消光率


参数：frac
Sampling fraction: The actual number of tips is n/frac, but only n tips are included (incomplete sampling).   
抽样比的秘诀是n /压裂的实际数量，但只有n个技巧（不完全抽样）。


参数：mrca
If mrca=FALSE: age is time since origin. If mrca=TRUE: age is time since most recent common ancestor of the extant tips.
如果MRCA = FALSE：年龄是自起源的时间。如果MRCA = TRUE：年龄是时间，因为最近的共同祖先现存的技巧。


参数：complete
If complete = TRUE, the tree with the extinct and non-sampled lineages is returned. If complete = FALSE, the extinct and non-sampled lineages are suppressed.
如果完整= TRUE，返回树的灭绝和非抽样谱系的。 = FALSE，如果完全灭绝，非抽样谱系的抑制。


值----------Value----------


参数：treearray
Array of numbsim trees with the time since origin / most recent common ancestor being age. If tree goes extinct (only possible when mrca = FALSE), returns 0. If only one extant and no extinct tips, returns 1.
numbsim树木的时间，因为产地/最近的共同祖先年龄的数组。如果树灭绝（仅当MRCA = FALSE）返回0。如果只有一个现存的和没有灭绝的提示，则返回1。


（作者）----------Author(s)----------


Tanja Stadler



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

实例----------Examples----------


age<-2
lambda <- 2.0
mu <- 0.5
frac <-0.6
numbsim<-3

##[＃]
# Simulating trees with time age since the origin:[随着时间的推移年龄的模拟树木以来的来源：]

sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,mrca=FALSE,complete=TRUE)
sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,frac,mrca=FALSE,complete=FALSE)

# Simulating trees with time age since the time of the most recent common [随着时间的推移年龄的模拟树木，因为时间的最近的共同]
# ancestor of the extant and sampled species:[现存的和采样的物种的祖先：]

sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,mrca=TRUE,complete=TRUE)
sim.bd.age(age,numbsim,lambda,mu,frac,mrca=TRUE,complete=FALSE)


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