R语言 TreeSim包 corsim()函数中文帮助文档(中英文对照)

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corsim(TreeSim)
corsim()所属R语言包：TreeSim

                                        corsim: Simulating the missing speciation events in an incomplete phylogenies
                                         CORSIM：模拟在一个不完整的系统发育缺少的形态事件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

corsim simulates the missing speciation event in an incomplete phylogeny assuming a constant speciation and extinction rate. These rates can be estimated with the functions bd.shifts.optim (if random speciation events are missing) and bd.groups.optim (if only young speciation events are missing) provided in TreePar. corsim allows to specify an upper and lower bound for the times of the missing speciation events.
CORSIM模拟缺少的形态发生在一个不完整的系统发育假设一个恒定的形态和物种灭绝速度。这些比率可估算的功能bd.shifts.optim（如果随机形态事件丢失）和bd.groups.optim的（如果只有年轻的形态事件丢失）在TreePar。 CORSIM允许指定的上部和下部为丢失的形态事件的时间的约束。


用法----------Usage----------


corsim(x,lambda,mu,missing,told=0,tyoung=0)



参数----------Arguments----------

参数：x
Vector of the speciation times in the incomplete phylogeny (where time is measured such that 0 is the present and increasing going into the past).
向量的不完整的亲缘关系的形态次（0是当前和增加进入过去的时间是衡量）。


参数：lambda
Speciation rate
形态率


参数：mu
Extincion rate
Extincion率


参数：missing
Number of missing species (i.e. speciation events).
人数失踪种（即形态事件）。


参数：told
Upper bound for the time of missing speciation events. Default is 0 which means no upper bound.
失踪形态事件的时间上限。默认值是0，表示没有上限。


参数：tyoung
Lower bound for the time of missing speciation events. Default is 0 which means no lower bound. tyoung<told unless tyoung=told=0 is required.
下界为失踪形态事件的时间。默认值是0，这意味着没有下限。 tyoung，<告诉，除非tyoung =告诉= 0。


值----------Value----------


参数：x
Vector of input and simulated speciation times.
向量的输入和模拟形态倍。


（作者）----------Author(s)----------


Tanja Stadler



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>

实例----------Examples----------


# Speciation times of a five species tree:[五物种树的形态时间：]
x<-c(1,1.5,3,5)
# We simulate using the following parameters:[我们模拟使用下列参数：]
lambda<-2
mu<-1
tyoung<-0.5
told<-4.5
# We simulate 5 additional speciation times (i.e. five additional species):[我们额外的形态模拟5倍（即五个额外种）：]
missing<-5

# xcompleted is x plus 5 additional speciation events between 0.5 and 4.5 timesteps in the past. xcompleted corresponds to a 10-species tree:[xcompleted是x加5个额外的形态在0.5和4.5之间的时间步长，在过去的事件。 xcompleted对应10种的树：]
xcompleted<-corsim(x,lambda,mu,missing,told,tyoung)

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