treemrcashifts(TreePar)
treemrcashifts()所属R语言包：TreePar
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
treemrcashifts: calculates the likelihood of a tree given the speciation and extinction rates and shift times.
treemrcashifts：计算树的形态和物种灭绝速度和换挡时间的可能性。
用法----------Usage----------
treemrcashifts(x, t, l, mu, sampling, posdiv=FALSE,survival=1,groups=0)
参数----------Arguments----------
参数：x
Vector of speciation times in the phylogeny. Time is measured increasing going into the past with the present being time 0. x can be obtained from a phylogenetic tree using getx(TREE).
向量的形态时代的亲缘关系。时间测量增加进入的过去与目前时间0。 x可以从系统树的getX（TREE）。
参数：t
The time of rate shifts (t[1]=0 is required, being the present)
率偏移的时间（吨[1] = 0是必需的，即本）
参数：l,mu
Vectors of the same length as t. l[i] (resp. mu[i]) specifies the speciation (resp. extinction rate) prior to t[i].
相同的长度为t的向量。 L [I]（相应地亩[I]）指定的形态（或灭绝的速度）在t之前[I]。
参数：sampling
Vector of length m. sampling_i is the probability of a species surviving the mass extinction at time t_i. sampling_1 is the probability of an extant species being sampled. sampling_1=1 means that the considered phylogeny is complete. sampling_i=1 (i>1) means that at time t_i, a rate shift may occur but no species go extinct.
向量的长度为m。 sampling_i时间t_i幸存的物种大灭绝一个物种的概率。 sampling_1是一个现存的物种被抽样的概率。 sampling_1 = 1表示所考虑的系统发育完成。 sampling_i = 1（I> 1）表示在时间t_i，一个变动可能发生，但没有物种灭绝。
参数：posdiv
Not relevant when using treemrcashifts without optimizing (for bd.shifts.optim: posdiv=FALSE (default) allows the speciation - extinction rate to be negative, i.e. allows for periods of declining diversity. posdiv=TRUE forces the speciation - extinction rate to be positive).
没有优化（为bd.shifts.optim不相关treemrcashifts：posdiv = FALSE（默认值）允许的形态 - 灭绝率是负的，即允许期间下降的多样性。posdiv = TRUE力量的形态 - 灭绝的速度是阳性）。
参数：survival
If survival = 1: The likelihood is conditioned on survival of the process (recommended). Otherwise survival = 0.
如果生存= 1：可能的条件是生存的过程（推荐）。否则生存= 0。
参数：groups
If groups != 0: the first column of groups indicates the age of higher taxa and the second column the number of species in the higher taxa (each row in groups corresponds to a leaf in the tree).
如果群体！= 0时，第一列的组，表示较高的分类群和第二列的物种数在较高的分类单元（组中的每一行对应于树中的一个叶）的年龄。
值----------Value----------
参数：res
-log likelihood of the tree given the parameters. The likelihood is calculated assuming there were two lineages at the time of the root. The likelihood is conditioned on survival of the two lineages if survival = 1. Likelihood-values from bd.densdep.optim are directly comparable (eg AIC) for survival = 0. Likelihood-values from laser are comparable for survival = 0 and after the transformation -res+(sum(log(2:length(x)))-(length(x)-1)*log(2)).
对数似然树给定的参数。的可能性来计算假设有两个谱系，在根的时间。的可能性的条件是生存的生存两个谱系，如果= 1。似然值来自bd.densdep.optim的直接可比性（如AIC）= 0的生存。似然值从激光相媲美的生存= 0，改造后的清晰度+（的总和（log（2：长度（x））） - （长度（X）-1）* LOG（2））。
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
参考文献----------References----------
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 11:51:50
