bd.shifts.plot(TreePar)
bd.shifts.plot()所属R语言包：TreePar
bd.shifts.plot plots the diversification rate estimates obtained with the function bd.shifts.optim
bd.shifts.plot图的多元化率估计得到的功能bd.shifts.optim
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
bd.shifts.plot plots the diversification rate estimates obtained with the function bd.shifts.optim
bd.shifts.plot图的多元化率估计得到的功能bd.shifts.optim
用法----------Usage----------
bd.shifts.plot(resall,shifts,timemax=100,ratemin=-1,ratemax=1,plotturnover=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：resall
When k trees were analyzed, a list of length k with entries bd.shifts.optim[[2]] for each tree.
当k树进行了分析，一个列表长度为k的的条目bd.shifts.optim [[2]]每一棵树。
参数：shifts
Specify under how many shifts you want to plot the estimated diversification rates (you can determine the number of significant shifts using a likelihood ratio test).
指定下多少变化，你要绘制的估计多元化（你能确定一些重大的变化，使用似然比检验）。
参数：timemax
Specifies the upper end of the x-axis (time in past). Lower end is always 0.
指定的x轴（在过去的时间）的上端。下端始终为0。
参数：ratemin, ratemax
Specifies the upper and lower end of the y-axis (diversification rates).
指定的上部和下部的端部的y轴（多样化评分）。
参数：plotturnover
Always diversification (speciation-extinction) is plotted. If plotturnover=TRUE, also turnover=speciation/extinction is plotted.
始终绘制多元化（物种灭绝）。如果plotturnover = TRUE，营业额=形态/消光曲线。
（作者）----------Author(s)----------
Tanja Stadler
参考文献----------References----------
实例----------Examples----------
set.seed(1)
# First we simulate a tree, and then estimate the parameters for the tree:[首先，我们模拟了树，然后估计的参数树：]
# Number of species[种数]
nspecies <- 20
# At time 1 and 2 in the past, we have a rate shift:[在过去，在时刻1和2中，我们有一个变动：]
time <- c(0,1,2)
# Mass extinction intensities 0.5 at time 1 in past, 0.4 at time 2 in past. Present day species are all sampled (rho_1=1):[大灭绝的强度在过去的时间过去，0.4时间1 0.5。现今的物种所有样本（rho_1，= 1）：]
rho <- c(1,0.5,0.4)
# speciation rates (between t_i,t_{i+1} we have speciation rate lambda_i):[形态率（在t_i，T_ {i +1}我们有形态率lambda_i），]
lambda <- c(2,2,1)
# extinction rates (between t_i,t_{i+1} we have extinction rate mu_i):[灭绝率（在t_i，T_ {i +1}，我们有灭绝的速度mu_i）：]
mu <- c(1,1,0)
# Simulation of a tree:[模拟一棵树：]
tree<-sim.rateshift.taxa(nspecies,1,lambda,mu,frac=rho,times=time,complete=FALSE)
# Extracting the speciation times x:[提取的形态时间：]
x<-sort(getx(tree[[1]][[1]]),decreasing=TRUE)
# When estimating the shift times t for x, we allow the shift times to be 0.6, 0.8, 1, 1.2, .. ,2.4:[当推定变速时间t为x时，我们允许换档时间是0.6，0.8，1 1.2，.. 2.4：]
start <- 0.6
end <- 2.4
grid <- 0.2
# We fix rho and estimate time, lambda, mu:[我们修复，LAMBDA，亩rho和估计时间：]
res <- bd.shifts.optim(x,rho,grid,start,end)
res[[2]]
# We plot the result for 2 shifts:[我们绘制2班的结果：]
bd.shifts.plot(list(res[[2]]),2,3,0,2)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 11:51:16
