annotate-methods(CAMERA)
annotate-methods()所属R语言包：CAMERA
Automatic deconvolution/annotation of LC/ESI-MS data
的LC / ESI-MS的数据自动卷积/注释
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Wrapper skript for automatic annotation of isotope peaks, adducts and fragments for a (grouped) xcmsSet xs. The function returns an xsAnnotate object.
同位素峰，加合物（分组）xcmsSetxs片段自动标注的包装skript。该函数返回一个xsAnnotate对象。
用法----------Usage----------
annotate(object, sample=NA, nSlaves=1, sigma=6, perfwhm=0.6,
cor_eic_th=0.75, graphMethod="hcs", pval=0.05, calcCiS=TRUE,
calcIso=FALSE, calcCaS=FALSE, maxcharge=3, maxiso=4, minfrac=0.5,
ppm=5, mzabs=0.015, quick=FALSE, psg_list=NULL, rules=NULL,
polarity="positive", multiplier=3, max_peaks=100 ,intval="into")
参数----------Arguments----------
参数：object
xcmsSet with peak group assignments
与峰集团转让xcmsSet
参数：sample
xsAnnotate: Sample selection for grouped xcmsSet, see xsAnnotate-class
xsAnnotate：样本分组xcmsSet的选择，看到xsAnnotate级
参数：nSlaves
xsAnnotate: Use parallel CAMERA mode, require Rmpi
xsAnnotate：使用并行相机的模式，需要Rmpi
参数：sigma
groupFWHM: multiplier of the standard deviation
groupFWHM：乘数的标准偏差
参数：perfwhm
groupFWHM: percentage of FWHM width
groupFWHM：半高宽宽度的百分比
参数：cor_eic_th
groupCorr: correlation threshold (0..1)
groupCorr：相关阈值（0 .. 1）
参数：graphMethod
groupCorr: Method selection for grouping peaks after correlation analysis into pseudospectra
groupCorr：分组相关分析后，将伪谱峰方法的选择
参数：pval
groupCorr: significant correlation threshold
groupCorr：显着相关性阈值
参数：calcCiS
groupCorr: Use correlation inside samples for peak grouping
groupCorr：样本内使用高峰分组相关
参数：calcIso
groupCorr: Use isotopic relationship for peak grouping
groupCorr：使用同位素峰分组的关系
参数：calcCaS
groupCorr: Use correlation across samples for peak grouping
groupCorr：跨样本的使用高峰分组相关
参数：maxcharge
findIsotopes: max. ion charge
findIsotopes：最大。离子电荷
参数：maxiso
findIsotopes: max. number of expected isotopes
findIsotopes：最大。预期同位素数
参数：minfrac
findIsotopes: The percentage number of samples, which must satisfy the C12/C13 rule for isotope annotation
findIsotopes：样本的百分比数字，它必须满足同位素注释C12/C13规则
参数：ppm
General ppm error
一般ppm误差
参数：mzabs
General absolut error in m/z
一般绝对错误的m / z
参数：quick
Use only groupFWHM and findIsotopes
只使用groupFWHM和findIsotopes
参数：psg_list
Calculation will only be done for the selected groups
将只为选定的组进行计算
参数：rules
findAdducts: User defined ruleset
findAdducts：用户定义的规则集
参数：polarity
findAdducts: Which polarity mode was used for measuring of the ms sample
findAdducts：ms采样测量极性模式
参数：multiplier
findAdducts: If no ruleset is provided, calculate ruleset with max. number n of [nM+x] clusterions
findAdducts：如果没有提供规则集，计算出最大的规则集。数N [NM + X] clusterions
参数：max_peaks
How much peaks will be calculated in every thread using the parallel mode
多少峰将在每一个使用线程并行模式计算
参数：intval
General used intensity value (into, maxo, intb)
一般使用的强度值（进，maxo，INTB）
Details
详情----------Details----------
Batch script for annotation of an (grouped) xcmsSet xs. Generates an xsAnnotate object by calling all involved functions for the annotation step. Function list: 1: groupFWHM() , 2: findIsotopes() , 3: groupCorr(), 4: findAdducts() Return the xsAnnotate object, which inherits all annotations. For more information about the parameters see the specific function manpages.
批处理脚本注释（分组）xcmsSetxs。通过调用注解一步都涉及到功能产生xsAnnotate对象。功能列表：1：groupFWHM（），2：findIsotopes（），3：groupCorr（），4：findAdducts（）返回的xsAnnotate对象，它继承了所有注释。如需有关参数，请参阅特定功能的联机帮助页。
值----------Value----------
annotate returns an xsAnnotate object. For more information about the xsAnnotate object see xsAnnotate-class.
annotate返回xsAnnotate的对象。为有关xsAnnotate对象的更多信息，请参阅xsAnnotate级。
作者（S）----------Author(s)----------
Carsten Kuhl <ckuhl@ipb-halle.de>
举例----------Examples----------
library(CAMERA)
file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA")
xs <- xcmsSet(file, method="centWave", ppm=30, peakwidth=c(5,10))
xsa <- annotate(xs)
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 14:02:28
