seqtree(TraMineR)
seqtree()所属R语言包：TraMineR
Tree structured analysis of a state sequence object.
一个状态序列对象的树形结构分析。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Facility for growing a regression tree for a state sequence object.
基金回归树的生长状态序列对象。
用法----------Usage----------
seqtree(formula, data = NULL, weighted = TRUE, minSize = 0.05,
maxdepth = 5, R = 1000, pval = 0.01,
weight.permutation = "replicate",
seqdist_arg = list(method = "LCS", norm = TRUE),
diss = NULL, squared = FALSE, first = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：formula
a formula where the left hand side is a state sequence object (see seqdef) and the right hand specifies the candidate variables for partitioning the set of sequences.
了一个公式，左手侧是一个状态序列，对象（见seqdef）和右手指定候选变量用于分隔的序列集合。
参数：weighted
Logical. If TRUE, use the weights of the state sequence object.
逻辑。如果TRUE，使用状态序列对象的权重。
参数：data
a data frame where variables in the formula will be searched
公式中的变量都将被搜索的数据框
参数：minSize
minimum number of cases in a node, in percentage if less than 1.
在一个节点中的情况下，在最小数目的比例如果小于1。
参数：maxdepth
maximum depth of the tree.
该树的最大深度。
参数：R
Number of permutations used to assess the significance of the split.
用来评估分割的意义的排列数目。
参数：pval
Maximum p-value, in percent.
最大p值，以百分数表示。
参数：weight.permutation
Weights permutation method: "diss" (attach weights to the dissimilarity matrix), "replicate" (replicate case according to the weights arguments), "rounded-replicate" (replicate case according to the rounded weights arguments), "random-sampling" (random assignment of covariate profiles to the objects using distributions defined by the weights.)
重量置换的方法：“迪斯”（附加的相异度矩阵的权重），“复制”（复制情况下，按的weights参数），“四舍五入复制”（复制情况的圆角weights参数），“随机取样”（协的对象所定义的权重分布中随机分配的。）
参数：seqdist_arg
list of arguments directly passed to seqdist, only used if diss=NULL
参数列表，如果直接传递给seqdist，仅用于diss=NULL
参数：diss
An optional dissimilarity matrix. If not provided, a dissimilarity matrix is computed using seqdist and seqdist_arg
可选的相异度矩阵。如果没有提供，相异度矩阵计算使用seqdist和seqdist_arg，
参数：squared
Logical. If TRUE, the dissimilarity matrix is squared
逻辑。如果TRUE，相异度矩阵平方
参数：first
Character. An optional variable name to force the first split.
字符。一个可选的变量名，强制先拆。
Details
详细信息----------Details----------
The function provides a simplified interface for applying disstree on state sequence objects.
该功能提供了一个简化的界面，申请disstree状态序列对象。
The seqtree objects can be "plotted" with seqtreedisplay. A print method is also available which prints the medoid sequence for each terminal node.
seqtree对象可以“绘制”seqtreedisplay。一个打印方法，也可打印的medoid顺序为每个终端节点。
值----------Value----------
a seqtree object.
一个seqtree对象。
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
seqtreedisplay, disstree
seqtreedisplay，disstree
实例----------Examples----------
data(mvad)
## Defining a state sequence object[＃定义一个状态序列对象]
mvad.seq <- seqdef(mvad[, 17:86])
## Building a seqtree using hamming distance[＃建立一个seqtree的使用海明距离]
## You should use much higher value for the R parameter,[＃R参数，您应该使用更高的价值，]
## thus the results may be unstable.[＃结果可能是不稳定的。]
## R should be at least 1000[＃R应该是至少为1000]
## (R is keeped low to avoid too much computation in examples).[＃（R犹存低，以避免太多的例子计算）。]
seqt <- seqtree(mvad.seq~ male + Grammar + funemp + gcse5eq + fmpr + livboth,
data=mvad, R = 10, seqdist_arg=list(method="HAM", norm=TRUE))
print(seqt)
## Building a seqtree using a specified distance matrix[＃建立一个seqtree的使用指定的距离矩阵]
mvad.dhd <- seqdist(mvad.seq, method="DHD")
seqt <- seqtree(mvad.seq~ male + Grammar + funemp + gcse5eq + fmpr + livboth,
data=mvad, R = 10, diss=mvad.dhd)
print(seqt)
### Will only work if GraphViz is properly installed[＃＃只会工作，如果GraphViz的正确安装]
## Not run: [＃不运行：]
seqtreedisplay(seqt, type="d", border=NA)
seqtreedisplay(seqt, type="I", sortv=cmdscale(mvad.dhd, k=1))
## End(Not run)[＃（不执行）]
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发表于 2012-10-1 11:42:08
