R语言 CALIB包 plotSpikeHI()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpikeHI(CALIB)
plotSpikeHI()所属R语言包：CALIB

                                         plot hybridized target vs intensity
                                         图杂交目标与强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

With final parameter setting, plot the amount of hybridized targets and intensities of calibration controls.  
随着最后一个参数设置，绘制杂交的目标和校准控制的强度量。


用法----------Usage----------


plotSpikeHI(spike, parameter, array = 1, xlab = "log(Hybridized)",
            ylab = "log(Intensity)", main = colnames(spike$R)[array],
            xlim = NULL, ylim = NULL, pch = 19, cex = 0.2,
            cy5col = "black", cy3col = "black", noerror = TRUE,
            noepch = 19, noecex = 0.1, noecy5col = "lightpink",
            noecy3col = "lightblue", curve = TRUE, lwd = 1.5,
            curvecy5col = "red", curvecy3col = "green", ...)



参数----------Arguments----------

参数：spike
a SpikeList object.
SpikeList对象。


参数：parameter
a ParameterList object.
ParameterList对象。


参数：array
integer giving the array to be plotted.  
整数，要绘制的数组。


参数：xlab
a title for the x axis.
X轴的标题。


参数：ylab
a title for the y axis.
为Y轴的标题。


参数：main
an overall title for the plot.
图的总冠军。


参数：xlim
the x limits (min,max) of the plot.
的X限制（最小值，最大值）的图。


参数：ylim
the y limits of the plot.
图的Y限制。


参数：pch
an integer code for one of plotting characters or symbols for the spike data set. Default is 19.
绘制尖峰数据集的字符或符号的整数代码。默认值是19。


参数：cex
a numerical value giving the amount by which the points which indicate spike data set should be scaled relative to the default.  Default is 0.2.
一个数值给点，这表明尖峰数据集应调整相对于默认的金额。默认值是0.2。


参数：cy5col
color of points for cy5. Default is black.  
CY5点的颜色。默认为黑色。


参数：cy3col
color of points for cy3. Default is black.  
CY3点颜色。默认为黑色。


参数：noerror
a logical value. If it is TRUE, plot the amount of hybridized targets assuming equal spot capacities. Default is TRUE.  
一个逻辑值。如果是的话TRUE，绘制假设等于现货能力的杂交目标金额。默认TRUE。


参数：noepch
pch for the points with equal spot capacities. Default is 19.  
pch的平等当场能力的点。默认值是19。


参数：noecex
cex for the points with equal spot capacities. Default is 0.1.
CEX与等于当场能力的点。默认值是0.1。


参数：noecy5col
color for the points with equal spot capacities of cy5.  Default is lightpink.
颜色点CY5等于当场能力。默认是浅粉红。


参数：noecy3col
color for the points with equal spot capacities of cy3. Default is lightblue.
CY3等于当场能力点的颜色。默认情况下是浅蓝。


参数：curve
a logical value. If it is TRUE, plot final parameter setting. Default is TRUE.
一个逻辑值。如果是TRUE，图最后一个参数设置。默认TRUE。


参数：lwd
width of the parameter curves. Default is 1.5.
参数曲线的宽度。默认值是1.5。


参数：curvecy5col
color of the parameter curves for cy5. Default is red.  
CY5色参数曲线。默认是红色的。


参数：curvecy3col
color of the parameter curves for cy3. Default is green.  
CY3色参数曲线。默认是绿色的。


参数：...
other graphical parameters can be used in function 'plot'.  
其他图形参数可以用在函数plot。


Details

详情----------Details----------

The function plots hybridized targets vs measured intensities of one array. The argument  array gives the array index to be plotted. The function accepts the spike concentrations  from the argument spike and the estimated spot error for each spot from the argument  parameter. The hyrbidized targets for each spot can be calculated by the following  formula: formula.
杂交的功能图的目标，亦或一个阵列测量强度。参数array给出了要绘制的数组索引。该函数接受参数spike估计当场错误的每个点从参数parameter尖峰浓度。由下列公式计算：公式可以计算出每个点的hyrbidized目标。

The argument noerror says whether or not the hybridized targets, which are calculated by the above mentioned formula assuming equal spot capacities, are plotted. If they are plotted, other arguments like noepch,noecex,noecy5col and noecy3col are used to  specify the type, the size and the color of the points.
参数noerror说杂交的目标，这是由上述假设等于现货能力的公式计算，绘制与否。如果他们策划，其他参数，如noepch，noecex，noecy5col和noecy3col用于指定点的类型，大小和颜色。

Estimated parameter curves can be shown on the plot. Since model parameters are different for two colors, two parameter curves are expected for one array. The funciton accepts  parameters of both colors from the argument parameter. If the curves are plotted, the  arguments lwd, curvecy3col and curvecy5col are used to specify the width and color of the curves.
估计参数曲线在图上可以显示。由于模型参数是不同的两种颜色，预计两个参数曲线为一个数组。功能可按接受参数parameter两种颜色的参数。如果绘制的曲线，参数lwd，curvecy3col和curvecy5col用于指定曲线的宽度和颜色。

Details for the graphical parameters can be seen in function plot, points and curve.   
图形参数的详情，可看到在功能plot，points和curve。


值----------Value----------

A plot is created on the current graphics device.
当前图形设备上创建一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



参考文献----------References----------

A calibration method for estimating absolute expression levels from

举例----------Examples----------


# load data: spike and parameter[负载数据：穗和参数]
data(spike)
data(parameter)

# specify the array to be plotted.[指定要绘制的数组。]
array <- 1

# use the default values for other parameters[其他参数使用默认值]
plotSpikeHI(spike,parameter,array=array)


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