R语言 CALIB包 ParameterList-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ParameterList-class(CALIB)
ParameterList-class()所属R语言包：CALIB

                                        Class "ParameterList" - List to store all the parameters
                                         类“ParameterList” - 存储所有参数列表

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A simple list-based class for storing all the model parameters of a  batch of microarray.
基于列表的一个简单的类，用于存储所有批次的芯片模型参数。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("ParameterList", parameter)  where parameter is a list. In the CALIB package, ParameterList objects are normally generated by function estimateParameter.
对象可以创建检测new("ParameterList", parameter)参数是一个列表的形式。在的CALIB包，通常ParameterList对象所产生的功能estimateParameter。


列表组件----------List Components----------

Objects should contain the following list components:
对象应包含以下列表中的组件：




MuS:  Spot parameter. Mean of spot capacity.
MuS：现货参数。平均当场能力。




Ka:  Hybridization constant.
Ka：杂交不断。




P1:  Respective slope of the linear dye saturation function. It is
P1：线性染料饱和函数各自的斜坡。这是




P2:  Respective intercept of the linear dye saturation function.
P2：线性染料饱和函数各自的拦截。




SigmaA:  Standard deviation of additive error. It is different
SigmaA：附加误差的标准偏差。它是不同的




SigmaM:  Standard deviation of multiplicative error.
SigmaM：乘法误差的标准偏差。




SigmaS:  Spot parameter. Standard deviation of spot capacity.
SigmaS：现货参数。现货能力的标准偏差。




SpotError:  numeric matrix containing spot error of all external
SpotError：数字矩阵包含所有外部当场错误




Method:  boolean values indicating the way to calculate the measured  intensities. It contains two subfields which are both logical value: BC and  Area. BC indicates whether background corrected measured intensities are used.
Method：布尔值，指示的方法来计算测得的强度。它包含两个子，这是两个逻辑值：BC和区域。 BC指示是否使用背景校正测量强度。




ErrorModel:  a character to represent the distribution of spot capacity. "L" means spot capacity follows log normal distribution. "N" means spot
ErrorModel：字符代表当场能力的分布。 “L”代表当场能力如下log normal分布。 “N”代表当场




genes:  data.frame containing information on spikes spotted on the arrays.
genes：在阵列上发现的尖峰数据框包含的信息。

See reference for more detailed explaination for these list components.
看到更多详细交代这些列表组件的参考。


延伸----------Extends----------

Class "list", from data part. Class "vector", by class "list".
类"list"，从数据的一部分。类"vector"类"list"。


方法----------Methods----------

This class inherits directly from class List. However since it represents the parameters
直接从这个类继承类名单。然而，因为它代表了参数

of the calibration model for arrays, it makes on sense to run functions like dim,
阵列校准模型，它使得运行dim功能上的意义，

dimnames,or merge on this class.
dimnames或merge这个类。

Therefore, only some operations appropriate for list will work on objects of this class.  ParameterList objects can be cbind and show in a compact way.
因此，只有一些列表中选择适当的行动，将这个类的对象。 ParameterList对象可以是cbind和show在一个紧凑的方式。

ParameterList objects are used on functions such as normalizeData or on some other data visualization functions like plotSpikeHI in the CALIB package.
使用功能，如ParameterList对象的normalizeData或其他一些数据可视化功能，如plotSpikeHI的CALIB包。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



参考文献----------References----------

A calibration method for estimating absolute expression levels from
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注：
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