R语言 CALIB包 estimateParameter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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estimateParameter(CALIB)
estimateParameter()所属R语言包：CALIB

                                        Estimate model parameter from spikes
                                         从峰值的估计模型参数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate the calibration model parameters according to the known concentration and  the measured intensities of external control spikes on each array.
根据已知浓度和每个阵列的外部控制尖峰的强度测量的校准模型参数估计。


用法----------Usage----------


estimateParameter(spike, RG, bc = FALSE, area = TRUE, errormodel = "M")



参数----------Arguments----------

参数：spike
a SpikeList object.
SpikeList对象。


参数：RG
a RGList_CALIB object.
RGList_CALIB对象。


参数：bc
a logical value. TRUE means background corrected measured  intensities are used. Default is FALSE.
一个逻辑值。 TRUE意味着使用背景校正测量强度。默认FALSE。


参数：area
a logical value. TRUE means spot area is used to calculate  measured intensities. Namly, measured intensities are calculated by  foreground intensities(or background corrected intensities, if bc is  TRUE ) multiply spot area. FALSE means spot area is not used. Default is TRUE .
一个逻辑值。 TRUE意味着名胜区被用来计算测量强度。 namly，测得的强度计算前景强度（或背景校正强度，如果BCTRUE）乘以名胜区。 FALSE意味着不使用名胜区。默认TRUE。


参数：errormodel
a character to indicate the distribution of spot capacity.  "A" means spot capacity is additive. "M" means spot capacity is multiplicative. Default is "M".  
一个字符，表明现货能力的分布。 “A”表示当场能力是添加剂。 “M”表示，现场的能力是乘法。默认为“M”。


Details

详情----------Details----------

This function estimates calibration model parameters. In this function,  the model parameters are estimated separately for each microarray,  based on the measured intensities of the external control spikes and  their known concentration in the hybridization solution. It accepts  spike measured intensities and concentration from spike argument,  which is an object of SpikeList class.
这个功能估计校准模型参数。在这个函数中，模型参数的估计分别为每个芯片的外部控制尖峰和杂交液的浓度已知的测量强度的基础上。它接受穗测量强度spike的说法，这是一个SpikeList类的对象和浓度。

It supports different ways to calculate the measured intensities.  Arguments bc and area are logical and their combinations is used  for specifying four differents ways. bc indicates using background correction or not. area indicates multiplying spot area or not. The default value of these two arguments are bc = FALSE and area = TRUE.
它支持不同的方式来计算测得的强度。参数bc和area是逻辑及其组合的指定四个differents方式使用。 bc表示使用背景校正与否。 area表示乘以名胜区或不是。 bc= FALSE和area= TRUE，这两个参数的默认值。

The argument errormodel is to specify the distribution of spot capacity  of each array. The spot capacity is either additive or multiplicative. Whichever distribution is more appropriate will depend largely on the type of  microarray slide and spotting procedure used. The spot parameters mus and sigmas can be considered equal for all measurements of a single array.
参数errormodel到指定现场每个阵列的容量分配。当场能力是任何添加剂或乘法。无论分布是比较合适的，将在很大程度上取决于芯片的幻灯片类型和使用发现程序。当场参数亩和sigmas的可视为等于单一阵列中的所有测量。

The argument RG is for calculating the maximum intensity of each array. These  maximum intensities are used to estimate the upper saturation level of each array.
参数RG是计算每个阵列的最大强度。这些最大强度来估计每个阵列上的饱和程度。

More details please refer to the reference literature.
更多详情，请参阅参考文献。


值----------Value----------

An ParameterList object containing the components:
ParameterList对象，其中包含的组件：


参数：MuS
matrix containing MuS for each array.
矩阵为每个阵列包含亩。


参数：Ka
matrix containing Ka for each array.
矩阵包含每个阵列嘉。


参数：P1
matrix containing P1 of each dye for each array.   
矩阵为每个阵列包含P1每个染料。


参数：P2
matrix containing P2 of each dye for each array.
矩阵为每个阵列包含P2每个染料。


参数：SigmaA
matrix containing sigma additive for each array.
矩阵包含每个阵列西格玛添加剂。


参数：SigmaM
matrix containing sigma multiplicative for each array.
矩阵包含每个阵列西格玛乘。


参数：SigmaS
matrix containing sigma spoterror for each array.
矩阵包含西格玛spoterror为每个阵列。


参数：SpotError
matrix containing the spot error of each spot for each array.  
矩阵含当场为每个阵列的每个点错误。


参数：Method
boolean values indicating the way to calculate the measured intensities.
布尔值，指示的方法来计算测得的强度。


参数：ErrorModel
character "M" or "A" to indicate the type of spot  capacity distribution.
字符"M"或"A"表明现货容量分布类型。


作者（S）----------Author(s)----------


Hui Zhao



参考文献----------References----------

A calibration method for estimating absolute expression levels from

举例----------Examples----------



# load data: RG and spike[负载数据：RG和穗]
data(RG)
data(spike)

# for the measured itensities, take the default bc=FALSE and area=TRUE.[为测量itensities，采取默认BC = FALSE和面积=真。]
# use multiplicative spot error model[使用乘法点误差模型]
parameter <- estimateParameter(spike,RG)


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