R语言 BUS包 pred.network()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pred.network(BUS)
pred.network()所属R语言包：BUS

                                        Predict the network
                                         预测网络

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To predict the matrix of gene network, based on the similarity matrix and filtered according to a corrected p-value matrix.
预测基因网络的矩阵，相似矩阵的基础上，并根据校正p值矩阵过滤。


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：pM
A corrected p-value matrix, a MxM matrix for significance of similarity among M genes.
更正p值矩阵，MXM矩阵M基因之间的相似性的意义。


参数：similarity
A MxM matrix for similarity between genes.
一种基因之间的相似性的MXM矩阵。


参数：thresh
Threshold for significance of the p-value.
阈值的p-值的意义。


值----------Value----------

A MxM matrix of the predicted network, where cell emphij infers a link between gene i and j and set 0 when the p-value is not significant (no link).
一个网络的预测的MXM矩阵，其中单元格emphij推断基因i和j之间的联系，并设置0时，p值不显着（没有链接）。


作者（S）----------Author(s)----------


Yin Jin, Hesen Peng, Lei Wang, Raffaele Fronza, Yuanhua Liu and Christine Nardini



举例----------Examples----------


data(copasi)
mat<-as.matrix(copasi[1:10,])
rownames(mat)<-paste("G",1:nrow(mat), sep="")
similarity=gene.similarity(mat,measure="MI",net.trim="mrnet")
pM=gene.pvalue(mat,measure="MI",net.trim="mrnet")$single.perm.p.value
pred.network(pM,similarity,thresh=0.05)

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