R语言 BUS包 gene.trait.similarity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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gene.trait.similarity(BUS)
gene.trait.similarity()所属R语言包：BUS

                                        Calculate similarity for gene-trait interaction
                                         计算基因性状相互作用的相似性

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

To calculate similarity for gene-trait interaction (using correlation/mutual information metric).
计算性状基因相互作用（使用相关/互信息度量）的相似性。


用法----------Usage----------


gene.trait.similarity(EXP, trait, measure, na.replica = 50)



参数----------Arguments----------

参数：EXP
Gene expression data in form of a matrix. Row stands for genes and column for experiments.
基因表达数据矩阵形式。行代表基因和实验列。


参数：trait
Trait data in form of matrix. Row stands for traits and column for experiments.  
矩阵形式的特征数据。行代表的性状和实验列。


参数：measure
Metric used to calculate similarity: "corr" for correlation, "MI" for mutual information.
度量用于计算互信息相似：“更正”的相关性，“智”。


参数：na.replica
Times of replicates for filling NANs in impute method; default value is 50. The (smooth) bootstrapping approach is used to give an estimation to missing value in the data.
次重复在归罪于方法填充NaN的默认值是50。 （平滑）自举方法是用来给估计值在数据丢失。


值----------Value----------

A matrix, row stands for gene and column for trait. Element in row i and column j stands for the association between the gene i and trait j.
A矩阵，行代表基因性状列。行中的元素i和j列代表基因I和性状j之间的关联。


作者（S）----------Author(s)----------


Yin Jin, Hesen Peng, Lei Wang, Raffaele Fronza, Yuanhua Liu and Christine Nardini  



举例----------Examples----------


data(tumors.mRNA)
data(tumors.miRNA)
exp<-tumors.mRNA
trait<-tumors.miRNA
gene.trait.similarity(EXP= exp[1:10, ],trait= trait[1:5, ],measure="MI")

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