BUS(BUS)
BUS()所属R语言包：BUS
A wrapper function for matrices of p-value and predicted network
一个p值矩阵的包装功能和预测网络
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
A wrapper function to calculate the computation of two types of similarities (correlation and mutual information) with two different goals: (i) identification of the statistically significant similarities among the activity of molecules sampled across different experiments (option Unsupervised, U), (ii) identification of the statistically significant similarities between such molecules and other types of information (clinical etc., option supervised, S) .
一个包装函数来计算的两种类型的相似性（相关性和互信息）两个不同的目标计算：（一）跨越不同的实验（选项无监督，ü），（二采样分子的活动之间的统计学意义上的相似性鉴定这种分子和其他类型的信息（临床等选项监督，下）之间的统计学意义上的相似性）鉴定。
用法----------Usage----------
BUS(EXP, trait = NULL, measure, method.permut = 2, n.replica = 400, net.trim = NULL, thresh = NULL, nflag)
参数----------Arguments----------
参数：EXP
Gene expression data in form of a matrix. Row stands for genes and column for experiments.
基因表达数据矩阵形式。行代表基因和实验列。
参数：trait
Trait data in form of a matrix. The row stands for traits and column for experiments.
矩阵形式的特征数据。该行表示性状和实验列。
参数：measure
Metric used to calculate similarity: "corr" for correlation, "MI" for mutual information.
度量用于计算互信息相似：“更正”的相关性，“智”。
参数：method.permut
A flag to indicate which method is used to correct permutation p-values, default as 2. See gene.pvalue for details.
一个标志来表明使用哪种方法纠正置换p值，默认为2。详情参见gene.pvalue。
参数：n.replica
Number of permutations used for the correction of multiple hypothesis testing; default value is 400.
用于多种假设检验校正的排列数量，默认值是400。
参数：net.trim
Method used to trim the network: "mrnet", "clr", "aracne" and "none" . "mrnet" infers a network using the maximum relevance/minimum redundancy feature selection method; "clr" use the CLR algorithm; "aracne" applies the data processing inequality to all triplets of nodes in order to remove the least significant edge in each triplet. These options come from the package minet, and they are used only for mutual information. "none" indicates no trim operation. It should be chosen when correlation is considered.
的方法来削减网络：“mrnet”，“CLR”，“aracne”和“无”。推断“mrnet”网络使用的最大相关性/最小冗余特征选择方法;“CLR”使用CLR算法;的“aracne”适用于数据处理节点的所有三胞胎的不平等，以消除最显着优势每个三胞胎。这些选项来自包MINET，它们仅用于互信息。 “无”表示没有修剪操作。它被认为是相关时，应选择。
参数：thresh
Threshold for significance of the corrected p-value. It is used, in the Unsupervised case, to trim the adjacency matrix (contains the results of the gene-gene association based on the chosen metric) and obtain a predicted gene interaction network. In the Supervised case, since no network is predicted, it is set as NULL.
阈值的校正p值的意义。在无监督的情况下，它是用来修剪的邻接矩阵（包含基因协会基因的基础上选定的度量结果），并获得预测的基因相互作用网络。在监督的情况下，据预测，因为没有网络，它被设置为NULL。
参数：nflag
A flag to indicate a gene-gene interaction case (Unsupervised) or a gene-trait interaction case (Supervised); 1 for Unsupervised and 2 for Supervised.
一个标志，表明基因基因相互作用的情况下（无监督）或基因性状相互作用的情况下（监督）;非监督和监督2。
值----------Value----------
参数：similarity
A matrix of similarity, which could be correlation or mutual information
矩阵的相似性，这可能是相关或互信息
参数：single.perm.p.value
A matrix of single p-values
单P值矩阵
参数：multi.perm.p.value
A matrix of corrected p-values
一个矩阵的p值纠正
参数：net.pred.permut
Predicted network obtained trimming non-significant values
修剪非显着的价值得到预测网络
作者（S）----------Author(s)----------
Yin Jin, Hesen Peng, Lei Wang, Raffaele Fronza, Yuanhua Liu and Christine Nardini
参见----------See Also----------
gene.pvalue,gene.trait.pvalue,pred.network
gene.pvalue，gene.trait.pvalue，pred.network
举例----------Examples----------
data(copasi)
mat<-as.matrix(copasi[1:10,])
rownames(mat)<-paste("G",1:nrow(mat), sep="")
BUS(EXP=mat,measure="corr",net.trim="none",thresh=0.05,nflag=1)
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发表于 2012-2-25 13:58:20
