R语言 BSgenome包 bsapply()函数中文帮助文档(中英文对照)

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bsapply(BSgenome)
bsapply()所属R语言包：BSgenome

                                        bsapply
                                         bsapply

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Apply a function to each chromosome in a genome.
套用到每个染色体的基因组中的功能。


用法----------Usage----------


bsapply(BSParams, ...)



参数----------Arguments----------

参数：BSParams
a BSParams object that holds the various parameters needed to configure the bsapply function  
1 BSParams持有需要配置bsapply功能的各种参数的对象


参数：...
optional arguments to 'FUN'.  
可选参数乐趣。


Details

详情----------Details----------

By default the exclude parameter is set to not exclude anything.  A popular option will probably be to set this to "rand" so that random bits of unassigned contigs are filtered out.
默认情况下，排除参数设置不排除任何东西。一个受欢迎的选择可能会设置“兰特”，因此，未分配的重叠群随机位被过滤掉。


值----------Value----------

If BSParams sets simplify = FALSE, a GenomeData object is returned containing the results generated using the remaining BSParams specifications. If BSParams sets simplify = TRUE, an sapply-like simplification is used on the results.
如果BSParams设置simplify = FALSE中，GenomeData对象，则返回包含使用剩余BSParams规格生成的结果。如果BSParams设置simplify = TRUEsapply像简化结果。


作者（S）----------Author(s)----------


Marc Carlson



参见----------See Also----------

BSParams-class, BSgenome-class, BSgenome-utils, GenomeData-class
BSParams类，BSgenome级，BSgenome-utils的，GenomeData级


举例----------Examples----------


  ## Load the Worm genome:[＃装入蠕虫基因组：]
  library("BSgenome.Celegans.UCSC.ce2")

  ## Count the alphabet frequencies for every chromosome but exclude[＃计算每一个染色体的字母频率，但不包括]
  ## mitochrondrial ones:[＃线粒体的：]
  params <- new("BSParams", X = Celegans, FUN = alphabetFrequency,
  exclude = "M")
  bsapply(params)

  ## Or we can do this same function with simplify = TRUE:[＃或者，我们可以做的与此相同的功能简化= TRUE：]
  params <- new("BSParams", X = Celegans, FUN = alphabetFrequency,
  exclude = "M", simplify = TRUE)
  bsapply(params)


  ## Examples to show how we might look for a string (in this case an[＃例子，说明我们如何寻找字符串（在这种情况下，]
  ## ebox motif) across the whole genome.  [＃eBox的图案）在整个基因组。]
  Ebox <- DNAStringSet("CACGTG")
  pdict0 <- PDict(Ebox)

  params <- new("BSParams", X = Celegans, FUN = countPDict, simplify = TRUE)
  bsapply(params, pdict = pdict0)

  params@FUN <- matchPDict
  bsapply(params, pdict = pdict0)

  ## And since its really overkill to use matchPDict to find a single pattern:[＃因为真的矫枉过正使用matchPDict找到一个单一的模式：]
  params@FUN <- matchPattern
  bsapply(params, pattern = "CACGTG")


  ## Examples on how to use the masks[＃例如如何使用口罩]
  library("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19")
  ## I can make things verbose if I want to see the chromosomes getting processed.[＃我可以做的事情详细的，如果我想看到的染色体得到处理。]
  options(verbose=TRUE)
  ## For the 1st example, lets use default masks[＃1例如，允许使用默认的掩码]
  params <- new("BSParams", X = Hsapiens, FUN = alphabetFrequency,
  exclude = c(1:8,"M","X","random","hap"), simplify = TRUE)
  bsapply(params)

  if (interactive()) {
    ## Set up the motifList to filter out all double T's and all double C's[＃设置motifList筛选出所有的双T的所有双C]
    params@motifList <-c("TT","CC")
    bsapply(params)

    ## Get rid of the motifList[＃获取摆脱motifList]
    params@motifList=as.character()
  }

  ##Enable all standard masks[＃启用所有标准的口罩。]
  params@maskList <- c("RM"=TRUE,"TRF"=TRUE)
  bsapply(params)

  ##Disable all standard masks[＃禁用所有标准的口罩。]
  params@maskList <- c("AGAPS"=FALSE,"AMB"=FALSE)
  bsapply(params)



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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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