R语言 biovizBase包 pileupGRangesAsVariantTable()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pileupGRangesAsVariantTable(biovizBase)
pileupGRangesAsVariantTable()所属R语言包：biovizBase

                                        Mismatch summary
                                         不匹配摘要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Compare to reference genome and compute mismatch summary for
比较参考基因组和计算不匹配摘要


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：gr
A GRanges object, with nucleotides summary, each base take one column in elementMetadata or user can simply passed the returned result from pileupAsGRanges function to this function.
农庄的一个对象，每个碱基与核苷酸总结，采取一列在elementMetadata或者用户可以简单地通过从pileupAsGRanges函数这个函数返回的结果。


参数：genome
BSgenome object, need to be the reference genome.
BSgenome对象，需要参考基因组。


参数：DNABases
Nucleotide types contained in passed GRanges object. Default is A/C/G/T/N, it tries to match the column names in elementMetadata to those default nucleotides. And treat the matched column as base names.
核苷酸类型包含在对象传递的农庄。默认的是/ / G / T / N是，它试图匹配这些默认核苷酸在elementMetadata列名。和治疗为碱基的名称相匹配的列。


Details

详情----------Details----------

User need to make sure to pass the right reference genome to this function to get the right summary. This function drop the position has no reads and only keep the region with coverage in the summary. The result could be used to show stacked barchart for
用户需要确保通过正确的参考基因组功能得到正确的总结。此功能下降没有读取的位置，只保留覆盖在总结该区域。结果可以用来显示堆叠净值表为


值----------Value----------

A GRanges object. Containing the following elementMetadata
一个农庄对象。包含以下elementMetadata的

refNucleotide in reference genome.
参考基因refNucleotide在。

readNucleotide contained in the reads at particular position, if multiple nucleotide, either matched or unmatched are found, they will be summarized in different rows.
在读取特定的位置，如果有多个核苷酸，要么匹配或不匹配的发现，他们将被归纳在不同的行中包含readNucleotide。

countCount for read column.
读取列countCount为。

matchLogical value, whether matched to reference genome or not
matchLogical价值，是否参考基因组或不匹配

bamCharacter indicate bam file path.
bamCharacter表明BAM文件的路径。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence, Tengfei Yin



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(Rsamtools)
data(genesymbol)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)   
bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam", package="biovizBase")
test <- pileupAsGRanges(bamfile, region = genesymbol["RBM17"])
test.match <- pileupGRangesAsVariantTable(test, Hsapiens)
head(test[,-7])
head(test.match[,-5])

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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