R语言 biovizBase包 pileupAsGRanges()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pileupAsGRanges(biovizBase)
pileupAsGRanges()所属R语言包：biovizBase

                                        Summarize reads for certain region
                                         总结读取某些区域

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function summarize reads from bam files for nucleotides on single base unit in a given region, this allows the downstream
BAM核苷酸在某一区域的单个碱基单位的文件读取功能总结，这使得下游


用法----------Usage----------





参数----------Arguments----------

参数：bams
A character which specify the bam file path.
一个字符指定的BAM文件的路径。


参数：regions
A GRanges object specifying the region to be summarized. This passed to which arguments in PileupParam.
一个农庄对象指定区域进行总结。这传递给whichPileupParam的论据。


参数：DNABases
Nucleotide type you want to summarize in the result and in specified order. It must be one or more of A,C,G,T,N.
核苷酸的类型，你要汇总的结果，并在指定的顺序。它必须是一个或更多的A，C，G，T N。


参数：...
Extra parameters passed to PileupParam.
额外的参数传递到PileupParam。


Details

详情----------Details----------

It's a wrapper around applyPileup function in Rsamtools package, more detailed control could be found under manual of PileupParam function in Rsamtools. pileupAsGRanges function return a GRanges object which including summary of nucleotides, depth, bam file path. This object could be read directly into pileupGRangesAsVariantTable function for mismatch
这是一个围绕applyPileup功能Rsamtools包的包装，更详细的控制可以被发现手册根据的PileupParam功能Rsamtools。 pileupAsGRanges函数返回一个包括核苷酸，深入总结，BAM文件路径的农庄对象。这个对象可以直接读入pileupGRangesAsVariantTable不匹配的功能


值----------Value----------

A GRanges object, each row is one single base unit. and elementMetadata contains summary about this position about all nucleotides specified by DNABases. and depth for total
一个农庄的对象，每一行是一个单一的基本单元。和elementMetadata包含关于这个位置约指定由DNABases所有核苷酸的总结。和depth总


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence, Tengfei Yin



举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
library(Rsamtools)
data(genesymbol)
library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)   
bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam", package="biovizBase")
test <- pileupAsGRanges(bamfile, region = genesymbol["RBM17"])
test.match <- pileupGRangesAsVariantTable(test, Hsapiens)
head(test[,-7])
head(test.match[,-5])

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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