R语言 biovizBase包 isMatchedWithModel()函数中文帮助文档(中英文对照)

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isMatchedWithModel(biovizBase)
isMatchedWithModel()所属R语言包：biovizBase

                                        Utils for Splicing Summary
                                         为拼接的Utils摘要

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Utilities used for summarizing isoforms
为总结亚型用于公用事业


用法----------Usage----------


isJunctionRead(cigar)
isMatchedWithModel(model, gr)



参数----------Arguments----------

参数：cigar
A CIGAR string vector.  
CIGAR字符串向量。


参数：model
A GRanges object.  
一个农庄对象。


参数：gr
A GRanges object.  
一个农庄对象。


Details

详情----------Details----------

isJunctionRead simply parsing the CIGAR string to see if there is "N" in between and return a logical vector of the same length as cigar parameters, indicate it's junction read or not.
isJunctionRead简单解析CIGAR字符串，看看是否有是“N”之间，并返回一个同样长度的作为CIGAR参数的逻辑向量，表明它的交界处读取或不。

isMatchedWithModel mapping gr to model, and counting overlapped cases for each row of model, If gr contains all the read, this will return a logical vector of the same length as gr, and indicate if each read is the support for this model. NOTICE: we only assume it's a full model, so each model here is simply one isoform. So we only treat the gaped reads which only overlapped with two consecutive exons in model as one support for it.
isMatchedWithModel映射grmodel，计算模型的每一行重叠的情况下，如果gr包含了所有的读，这将返回一个相同长度的逻辑向量gr，并注明如果每读是这个模型的支持。注意：我们只能假设它是一个完整的模型，所以每个model这里简直就是一个亚型。所以我们只把目瞪口呆读取只连续两个外显子重叠model作为一个支持它。


值----------Value----------

Logical vectors.
逻辑向量。


作者（S）----------Author(s)----------


Tengfei Yin



举例----------Examples----------


library(Rsamtools)
bamfile <- system.file("extdata", "SRR027894subRBM17.bam",
  package="biovizBase")
## get index of junction read[＃交界处的索引读取]
which(isJunctionRead(cigar(readBamGappedAlignments(bamfile))))
##[＃]
model <- GRanges("chr1", IRanges(c(10, 20, 30, 40), width  = 5))
gr <- GRanges("chr1", IRanges(c(10, 10, 12, 22, 33), c(31, 40, 22, 32,
  44)))
isMatchedWithModel(model, gr)

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