R语言 Biostrings包 matchLRPatterns()函数中文帮助文档(中英文对照)

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matchLRPatterns(Biostrings)
matchLRPatterns()所属R语言包：Biostrings

                                        Find paired matches in a sequence
                                         序列中找到配对的比赛

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The matchLRPatterns function finds paired matches in a sequence i.e. matches specified by a left pattern, a right pattern and a maximum distance between the left pattern and the right pattern.
matchLRPatterns函数发现序列，即指定由左模式，右模式和左侧的模式和权利模式之间的最大距离匹配的配对比赛。


用法----------Usage----------


matchLRPatterns(Lpattern, Rpattern, max.gaplength, subject,
                max.Lmismatch=0, max.Rmismatch=0,
                with.Lindels=FALSE, with.Rindels=FALSE,
                Lfixed=TRUE, Rfixed=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：Lpattern
The left part of the pattern.  
该模式的左半部分。


参数：Rpattern
The right part of the pattern.  
该模式的权利的一部分。


参数：max.gaplength
The max length of the gap in the middle i.e the max distance between the left and right parts of the pattern.  
即模式的左边和右边的部分之间的最大距离的中间的差距最大长度。


参数：subject
An XString, XStringViews or MaskedXString object containing the target sequence.  
28一个XString，XStringViews或含有靶序列MaskedXString对象。


参数：max.Lmismatch
The maximum number of mismatching letters allowed in the left part of the pattern. If non-zero, an inexact matching algorithm is used (see the matchPattern function for more information).  
的最大数量的不匹配，在允许的左半部分图案的字母。如果不为零，不精确的匹配算法使用（matchPattern更多信息的功能）。


参数：max.Rmismatch
Same as max.Lmismatch but for the right part of the pattern.  
max.Lmismatch但对于该模式的右半部分相同。


参数：with.Lindels
If TRUE then indels are allowed in the left part of the pattern. In that case max.Lmismatch is interpreted as the maximum "edit distance" allowed in the left part of the pattern.  See the with.indels argument of the matchPattern function for more information.  
如果TRUE然后INDELS是允许的左半部分图案。在这种情况下max.Lmismatch被解释为最大的“编辑距离”，在允许的左半部分图案。见with.indelsmatchPattern更多信息的功能参数。


参数：with.Rindels
Same as with.Lindels but for the right part of the pattern.  
with.Lindels但对于该模式的右半部分相同。


参数：Lfixed
Only with a DNAString or RNAString subject can a Lfixed value other than the default (TRUE) be used.  With Lfixed=FALSE, ambiguities (i.e. letters from the IUPAC Extended Genetic Alphabet (see IUPAC_CODE_MAP) that are not from the base alphabet) in the left pattern \_and\_ in the subject are interpreted as wildcards i.e. they match any letter that they stand for.  Lfixed can also be a character vector, a subset of c("pattern", "subject"). Lfixed=c("pattern", "subject") is equivalent to Lfixed=TRUE (the default). An empty vector is equivalent to Lfixed=FALSE. With Lfixed="subject", ambiguities in the pattern only are interpreted as wildcards. With Lfixed="pattern", ambiguities in the subject only are interpreted as wildcards.  
只有与DNAString或RNAString主题，Lfixed比默认值（TRUE）用于。 Lfixed=FALSE含糊之处，在左边的模式（即遗传字母的IUPAC扩展（见IUPAC_CODE_MAP）是从碱基字母字母）\ _and \主题_解释为通配符，即他们匹配任何字母，他们的立场。 Lfixed也可以是一个特征向量，c("pattern", "subject")子集。 Lfixed=c("pattern", "subject")相当于Lfixed=TRUE（默认）。一个空的向量是相当于Lfixed=FALSE。与Lfixed="subject"，模式中的含糊之处，只解释为通配符。与Lfixed="pattern"，含糊不清的问题只解释为通配符。


参数：Rfixed
Same as Lfixed but for the right part of the pattern.  
Lfixed但对于该模式的右半部分相同。


值----------Value----------

An XStringViews object containing all the matches, even when they are overlapping (see the examples below), and where the matches are ordered from left to right (i.e. by ascending starting position).
一个XStringViews对象，其中包含的所有比赛，甚至当他们是重叠的（见下面的例子），并在比赛进行排序从左至右（即上升的起始位置）。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

matchPattern, matchProbePair, trimLRPatterns, findPalindromes, reverseComplement, XString-class, XStringViews-class, MaskedXString-class
matchPattern，matchProbePair，trimLRPatterns，findPalindromes，reverseComplement，XString级，XStringViews级，MaskedXString级


举例----------Examples----------


  library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3)
  subject <- Dmelanogaster$chr3R
  Lpattern <- "AGCTCCGAG"
  Rpattern <- "TTGTTCACA"
  matchLRPatterns(Lpattern, Rpattern, 500, subject) # 1 match[1场]

  ## Note that matchLRPatterns() will return all matches, even when they are[＃注意matchLRPatterns（）将返回所有的比赛，即使他们]
  ## overlapping:[＃重叠：]
  subject <- DNAString("AAATTAACCCTT")
  matchLRPatterns("AA", "TT", 0, subject) # 1 match[1场]
  matchLRPatterns("AA", "TT", 1, subject) # 2 matches[2场比赛]
  matchLRPatterns("AA", "TT", 3, subject) # 3 matches[3场比赛]
  matchLRPatterns("AA", "TT", 7, subject) # 4 matches[4场比赛]

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