R语言 Biostrings包 maskMotif()函数中文帮助文档(中英文对照)

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maskMotif(Biostrings)
maskMotif()所属R语言包：Biostrings

                                        Masking by content (or by position)
                                         内容屏蔽（或位置）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Functions for masking a sequence by content (or by position).
掩盖内容序列（或位置）的功能。


用法----------Usage----------


maskMotif(x, motif, min.block.width=1, ...)
mask(x, start=NA, end=NA, pattern)



参数----------Arguments----------

参数：x
The sequence to mask.  
序列来掩盖。


参数：motif
The motif to mask in the sequence.  
掩盖序列中的主题。


参数：min.block.width
The minimum width of the blocks to mask.  
块的最小宽度面具。


参数：...
Additional arguments for matchPattern.  
matchPattern额外的参数。


参数：start
An integer vector containing the starting positions of the regions to mask.  
一个整数向量，包含区域的起始位置，以面具。


参数：end
An integer vector containing the ending positions of the regions to mask.  
一个整数向量，包含区域的结束位置来屏蔽。


参数：pattern
The motif to mask in the sequence.  
掩盖序列中的主题。


值----------Value----------

A MaskedXString object for maskMotif and an XStringViews object for mask.
一个的maskMotif和maskXStringViews对象MaskedXString对象。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

read.Mask, matchPattern, XString-class, MaskedXString-class, XStringViews-class, MaskCollection-class
read.Mask，matchPattern，MaskedXString级XString级，级XStringViews，MaskCollection级


举例----------Examples----------


  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]
  ## EXAMPLE 1[＃示例1]
  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]

  maskMotif(BString("AbcbbcbEEE"), "bcb")
  maskMotif(BString("AbcbcbEEE"), "bcb")

  ## maskMotif() can be used in an incremental way to mask more than 1[的＃maskMotif（）可以用来在一个渐进的方式来掩盖超过1]
  ## motif. Note that maskMotif() does not try to mask again what's[＃序。请注意，maskMotif（）并不试图掩盖什么]
  ## already masked (i.e. the new mask will never overlaps with the[＃已屏蔽（即新的面具永远不会重叠]
  ## previous masks) so the order in which the motifs are masked actually[＃）以前的口罩，以便在该图案是为了掩盖实际上]
  ## matters as it will affect the total set of masked positions.[＃重要的，因为它会影响蒙面职位的总集。]
  x0 <- BString("AbcbEEEEEbcbbEEEcbbcbc")
  x1 <- maskMotif(x0, "E")
  x1
  x2 <- maskMotif(x1, "bcb")
  x2
  x3 <- maskMotif(x2, "b")
  x3
  ## Note that inverting the order in which "b" and "bcb" are masked would[＃注意，颠倒顺序在“b”和“BCB”被屏蔽]
  ## lead to a different final set of masked positions.[＃导致不同的蒙面职位的最后一组。]
  ## Also note that the order doesn't matter if the motifs to mask don't[＃另外请注意，顺序并不重要，如果图案来掩盖不]
  ## overlap (we assume that the motifs are unique) i.e. if the prefix of[＃重叠（我们假设是独一无二的图案），即如果前缀]
  ## each motif is not the suffix of any other motif. This is of course[＃每个主题是没有任何其他主题的后缀。当然，这是]
  ## the case when all the motifs have only 1 letter.[＃的情况时，所有的图案都只有1个字母。]

  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]
  ## EXAMPLE 2[＃示例2]
  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]

  x <- DNAString("ACACAACTAGATAGNACTNNGAGAGACGC")

  ## Mask the N-blocks[＃掩盖了N块。]
  x1 <- maskMotif(x, "N")
  x1
  as(x1, "XStringViews")
  gaps(x1)
  as(gaps(x1), "XStringViews")

  ## Mask the AC-blocks [＃掩盖交流块。]
  x2 <- maskMotif(x1, "AC")
  x2
  gaps(x2)

  ## Mask the GA-blocks[＃掩盖GA块。]
  x3 <- maskMotif(x2, "GA", min.block.width=5)
  x3  # masks 2 and 3 overlap[口罩2和3的重叠]
  gaps(x3)

  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]
  ## EXAMPLE 3[＃示例3]
  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]

  library(BSgenome.Dmelanogaster.UCSC.dm3)
  chrU <- Dmelanogaster$chrU
  chrU
  alphabetFrequency(chrU)
  chrU <- maskMotif(chrU, "N")
  chrU
  alphabetFrequency(chrU)
  as(chrU, "XStringViews")
  as(gaps(chrU), "XStringViews")

  mask2 <- Mask(mask.width=length(chrU), start=c(50000, 350000, 543900), width=25000)
  names(mask2) <- "some ugly regions"
  masks(chrU) <- append(masks(chrU), mask2)
  chrU
  as(chrU, "XStringViews")
  as(gaps(chrU), "XStringViews")

  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]
  ## EXAMPLE 4[＃示例4]
  ## ---------------------------------------------------------------------[＃------------------------------------------------- --------------------]
  ## Note that unlike maskMotif(), mask() returns an XStringViews object![＃注意，，不像maskMotif（），面具（）返回一个XStringViews对象！]

  ## masking "by position"[＃掩盖“按位置”]
  mask("AxyxyxBC", 2, 6)

  ## masking "by content"[＃掩蔽“内容”]
  mask("AxyxyxBC", "xyx")
  noN_chrU <- mask(chrU, "N")
  noN_chrU
  alphabetFrequency(noN_chrU, collapse=TRUE)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。