R语言 Biostrings包 AAString-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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AAString-class(Biostrings)
AAString-class()所属R语言包：Biostrings

                                        AAString objects
                                         AAString对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

An AAString object allows efficient storage and manipulation of a long amino acid sequence.
一个AAString对象允许长的氨基酸序列的高效存储和操纵。


Details

详情----------Details----------

The AAString class is a direct XString subclass (with no additional slot). Therefore all functions and methods described in the XString man page also work with an AAString object (inheritance).
AAString类是的直接XString子类（没有额外的插槽）。因此，在XString手册页中描述的所有功能和方法，也可以与AAString对象（继承）。

Unlike the BString container that allows storage of any single string (based on a single-byte character set) the AAString container can only store a string based on the Amino Acid alphabet (see below).
不像BString容器允许任何单个字符串（基于单字节字符集）的AAString容器只能存放氨基酸字母表（见下文）为基础的字符串存储。


氨基酸字母表----------The Amino Acid alphabet----------

This alphabet contains all letters from the Single-Letter Amino Acid Code (see ?AMINO_ACID_CODE) + the stop ("*"), the gap ("-") and the hard masking ("+") letters. It is stored in the AA_ALPHABET constant (character vector). The alphabet method also returns AA_ALPHABET when applied to an AAString object and is provided for convenience only.
这个字母表中包含从单字母氨基酸编码的所有字母（见?AMINO_ACID_CODE）+停止（"*"）（"-"）和硬盘屏蔽（"+"差距）的信件。它储存在AA_ALPHABET常数（特征向量）。 alphabet方法也返回AA_ALPHABET应用于到AAString对象时，只为方便提供。


构造类似的功能和泛型----------Constructor-like functions and generics----------

In the code snippet below, x can be a single string (character vector of length 1) or a BString object.
在下面的代码片段，x可以是一个字符串（字符长度为1的向量）或BString对象。

AAString(x="", start=1, nchar=NA): Tries to convert x into an AAString object by reading nchar letters starting at position start in x.
AAString(x="", start=1, nchar=NA)：尝试转换x到AAString的对象阅读nchar字母位置开始startx。


存取方法----------Accessor methods----------

In the code snippet below, x is an AAString object.
在下面的代码片段，x是AAString的对象。

alphabet(x): If x is an AAString object, then return the Amino Acid alphabet (see above). See the corresponding man pages when x is a BString, DNAString or RNAString object.
alphabet(x)如果x是AAString的对象，然后返回氨基酸字母表（见上文）。请参阅相应的手册页时x是BString，DNAString或RNAString的对象。


作者（S）----------Author(s)----------


H. Pages



参见----------See Also----------

AMINO_ACID_CODE, letter, XString-class, alphabetFrequency
AMINO_ACID_CODE，letter，XString级，alphabetFrequency


举例----------Examples----------


  AA_ALPHABET
  a <- AAString("MARKSLEMSIR*")
  length(a)
  alphabet(a)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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