R语言 BioSeqClass包 featureFragmentComposition()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

featureFragmentComposition(BioSeqClass)
featureFragmentComposition()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by the composition of k-mer fragments
                                         K-MER片段组成的特征编码

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Sequences are coded based on the frequency of k-mer sequence fragments.
基于K-MER序列片段的频率编码序列。


用法----------Usage----------


  featureFragmentComposition(seq,k,class=elements("aminoacid"))



参数----------Arguments----------

参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.  
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：k
an integer indicating the length of sequence fragment (k>=1).  
一个整数，表示序列片段的长度（K> = 1）。


参数：class
a list for the class of biological properties. It can  be produced by elements and aaClass.   
一个生物属性的类列表。它可以产生elements和aaClass。


Details

详情----------Details----------

featureFragmentComposition returns a matrix with M\^k columns.  Each row represented features of one sequence coding by a M\^k dimension  numeric vector. Each column is the frequency of k-mer sequence fragment.
featureFragmentComposition返回一个与M \ ^ k列的矩阵。每一行代表一个序列的功能，由一个M \ ^ k维数值向量编码。每一列是K-的MER序列片段的频率。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){
  file = file.path(.path.package("BioSeqClass"), "example", "acetylation_K.pos40.pep")
  seq = as.matrix(read.csv(file,header=F,sep="\t",row.names=1))[,1]
  
  FC2 = featureFragmentComposition(seq,2,aaClass("aaS"))
  FC3 = featureFragmentComposition(seq,3,aaClass("aaS"))
}

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。