R语言 BioSeqClass包 featureDOMAIN()函数中文帮助文档(中英文对照)

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featureDOMAIN(BioSeqClass)
featureDOMAIN()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by doamin organization
                                         doamin组织特征编码

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Protein sequences are coded based on their domains.
编码的蛋白质序列，根据他们的领域。


用法----------Usage----------


  featureDOMAIN(domain)
  
  # Protein Pfam domain prediction
  predictPFAM(seq, hmmpfam.path, pfam.path, Evalue=10^-5)  



参数----------Arguments----------

参数：domain
a list of protein domains. It can be produced by function  predictPFAM.     
蛋白质结构域的列表。它可以产生功能predictPFAM。


参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.   
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：hmmpfam.path
a string for the path of hammpfam program in HMMER.  hammpfam will be employed to predict domains using models in Pfam database.
为路径的在HMMER hammpfam方案的字符串。 hammpfam将预测域Pfam数据库中使用的模型。


参数：pfam.path
a string for the path of pfam domain database.
PFAM域名数据库的路径字符串。


参数：Evalue
a numeric value for the E-value cutoff of perdicted Pfam domain.   
数值为E值的perdicted PFAM域截止。


Details

详情----------Details----------

featureDOMAIN uses Pfam domains to code 0-1 feature vector.
featureDOMAIN使用PFAM域代码0-1特征向量。

predictPFAM predict Pfam domains by hmmpfam program. It returns  a list, each element is a vector which denotes the domain composition of a  protein.   
predictPFAM预测HMMPFAM方案PFAM域。它返回一个列表，每个元素是一个矢量，它表示的一种蛋白质的结构域组成。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){

}

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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