R语言 BioSeqClass包 featureCKSAAP()函数中文帮助文档(中英文对照)

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featureCKSAAP(BioSeqClass)
featureCKSAAP()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Feature Coding by k-spaced Aminoacids/Base Pairs
                                         由K-行距氨基酸/碱基对编码功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Protein sequences are coded based on the frequency of k-spaced aminoacids/base pairs.
基于K-行距氨基酸/碱基对的频率编码的蛋白质序列。


用法----------Usage----------


  featureCKSAAP(seq,g,class=elements("aminoacid"))  



参数----------Arguments----------

参数：seq
a string vector for the protein, DNA, or RNA sequences.  
为蛋白质，DNA或RNA序列的字符串向量。


参数：g
an integer indicating the distance between two aminoacids/bases (g>=0).   
一个整数，指示两个氨基酸/碱基（G> = 0）之间的距离。


参数：class
a list for the class of biological properties. It can  be produced by elements and aaClass.   
一个生物属性的类列表。它可以产生elements和aaClass。


Details

详情----------Details----------

featureCKSAAP returns a matrix with (g+1)*M\^2 columns. Each  row represented features of one sequence coding by a (g+1)*M\^2 dimension  numeric vector. Each column is the number of k-spaced aminoacids/base pair (0<=k<=g).  
featureCKSAAP返回（G +1）M * \ ^ 2列的矩阵。每一行代表一个序列编码（G +1）M * \ ^ 2维数字向量的功能。每列间隔K-氨基酸/碱基对的数量（0 <= K <= G）。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


if(interactive()){
  file = file.path(.path.package("BioSeqClass"), "example", "acetylation_K.pos40.pep")
  seq = as.matrix(read.csv(file,header=F,sep="\t",row.names=1))[,1]
   
  CKSAAP0 = featureCKSAAP(seq,0,elements("aminoacid"))
  CKSAAP2 = featureCKSAAP(seq,2,elements("aminoacid"))  
}

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