R语言 BioSeqClass包 basic()函数中文帮助文档(中英文对照)

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basic(BioSeqClass)
basic()所属R语言包：BioSeqClass

                                        Assistant Functions
                                         辅助功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Assistant functions including read/write files, invoke perl programs, and so on.
辅助功能包括读/写文件，调用Perl程序，等等。


用法----------Usage----------


  ## Elements and groups of base and amino acid
  elements(ele.type)
  aaClass(aa.type)   

  pwm(seq,class=elements("aminoacid"))
  
  .pathPerl(perlName, os)
  .callPerl(perlName, os)  
  
  data(dssp.ss)
  data(aa.index)
  data(PROPERTY)
  data(DiProDB)   



参数----------Arguments----------

参数：ele.type
a string for the type of biological sequence. This must be  one of the strings "rnaBase", "dnaBase", "aminoacid" or "aminoacid2".   
生物序列类型的字符串。这必须是字符串“rnaBase”，“dnaBase”，“氨基酸”或“aminoacid2的”之一。


参数：aa.type
a string for the group of amino acids. This must be one of the strings "aaH", "aaV", "aaZ", "aaP", "aaF", "aaS" or "aaE".   
一串氨基酸组。这必须是一个字符串“AAH”，“腺”，“AAZ”，“AAP”，“AAF”，“AAS”或“AAE”。


参数：seq
a string vector for the protein or gene sequences.  
为蛋白质或基因序列的字符串矢量。


参数：class
a list for the class of biological properties. It can  be produced by elements and aaClass.   
一个生物属性的类列表。它可以产生elements和aaClass。


参数：perlName
a character string for the name of perl program.  
一个perl程序的名称的字符串。


参数：os
character string, giving the Operating System (family) of the computer.   
字符串，给电脑的操作系统（家庭）。


Details

详情----------Details----------

elements returns a list of basic elements of biological sequence.  Parameter "ele.type" supported following selection:   "rnaBase" - basic elements of RNA (ATCG).   "dnaBase" - basic elements of DNA (AUCG). "aminoacid" - 20 amino acides (RKEDQNWGASTPHYCVLIMF). "aminoacid2" - 20 amino acides and 1 pseudo amino acid "O" (RKEDQNWGASTPHYCVLIMFO).  Unknown or uncomplete amino acides will be substituted by pseudo   amino acid.
elements返回的生物序列的基本要素。参数“ele.type”支持以下选择：的“rnaBase” -  RNA的基本元素（ATCG）。 “dnaBase” -  DNA的基本要素（AUCG）。 “氨基酸” -  20的氨基酸acides（RKEDQNWGASTPHYCVLIMF）。 “aminoacid2” -  20的氨基酸acides和1伪氨基酸“澳”（RKEDQNWGASTPHYCVLIMFO）。将被替换未知或uncomplete的氨基酸acides伪氨基酸。

aaClass returns a list of amino acids groups depend on their  physical-chemical properties. Parameter "aa.type" supports following selection: "aaH" (hydrophobicity): Polar(RKEDQN), Neutral(GASTPHY), Hydrophobic(CVLIMFW) "aaV (normalized Van der Waals volume)": Small(GASCTPD), Medium(NVEQIL), Large(MHKFRYW) "aaZ" (polarizability): Low polarizability        (GASDT), Medium polarizability  (CPNVEQIL), High polarizability(KMHFRYW) "aaP" (polarity): Low polarity        (LIFWCMVY), Neutral polarity (PATGS), High polarity        (HQRKNED) "aaF": Acidic        (DE), Basic (HKR), Polar (CGNQSTY), Nonpolar (AFILMPVW) "aaS": Acidic        (DE), Basic        (HKR), Aromatic (FWY), Amide (NQ), Small hydroxyl        (ST),  Sulfur-containing (CM), Aliphatic (AGPILV) "aaE": Acidic        (DE), Basic(HKR), Aromatic (FWY), Amide (NQ), Small hydroxyl (ST), Sulfur-containing (CM), Aliphatic 1 (AGP), Aliphatic 2        (ILV)
aaClass返回组对他们的物理化学性质取决于氨基酸的列表。支持参数“aa.type”下面的选择：“AAH”（疏水性）：极地（RKEDQN），中性（GASTPHY），疏水性（CVLIMFW）“AAV（归范德华体积）”：小（GASCTPD） ，中等（NVEQIL），大（MHKFRYW）“AAZ”（极化）：低极化（GASDT）的，中等极化（CPNVEQIL）的，高极化（KMHFRYW）“AAP”（极性）：低极性（LIFWCMVY）的中性极性（PATGS），“AAF”：酸性（DE），基本法（香港兴业），极地（CGNQSTY）无极（AFILMPVW）的“AAS”高极性（HQRKNED的）：酸性（DE），基本（香港兴业），芳香酰胺（FWY），（NQ），小羟基（ST），含硫（CM）脂肪（AGPILV）的“AAE”：酸性（DE），基本（香港兴业），芳烃（FWY），酰胺（NQ）小羟基（ST），含硫（厘米），脂肪（AGP），2，脂肪（ILV）

pwm returns a M*N position weight matrix (PWM) of input sequences.  M is the number of elements given by parameter "class". N is the length of each  sequence. Each row is a kind of element, and each column is a position. The  input sequences must have equal length.
pwm返回一个M * N个位置权重矩阵（PWM）输入序列。 M是参数“类”的元素的数量。 N是每个序列的长度。每一行是一种元素，每一列是一个位置。必须有平等的输入序列的长度。

.pathPerl write the path of Perl to perl program file.
.pathPerl写的Perl perl程序文件的路径。

.callPerl invoke Perl program via R.
.callPerlR. Perl程序调用

dssp.ss is a vector storing the secondary structure data  from DSSP database (http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/).
dssp.ss是从DSSP的数据库（http://swift.cmbi.ru.nl/gv/dssp/）的二级结构数据存储的向量。

aa.index is a list storing the properties of amino acids  from AAIndex database (http://www.genome.jp/aaindex).
aa.index是一个列表存储从AAIndex数据库（http://www.genome.jp/aaindex）中氨基酸的属性。

PROPERTY is a list sotring the properties of dinucleotide  from B-DNA-VIDEO PROPERTY database (http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/bdnavideo/).  
PROPERTY的B-DNA-视频属性数据库（http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/systems/bdnavideo/）sotring核苷酸的性质是一个列表。

DiProDB is a list sotring the conformational and thermodynamic dinucleotide properties from DiProDB database (http://diprodb.fli-leibniz.de/).  
DiProDB是一个的列表sotring从DiProDB数据库（http://diprodb.fli-leibniz.de/）的构象和热力学核苷酸属性。


作者（S）----------Author(s)----------


Hong Li



举例----------Examples----------


  ## amino acids groups depend on their hydrophobicity[＃氨基酸团体取决于其疏水]
  aaClass("aaH")
  
  ## load data: dssp.ss[＃负载数据：dssp.ss的]
  data(dssp.ss)
  ## see the data in dssp.ss[＃看到dssp.ss数据]
  dssp.ss[1:5]

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