R语言 BioNet包 runHeinz()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

runHeinz(BioNet)
runHeinz()所属R语言包：BioNet

                                         Start HEINZ
                                         开始亨氏

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function starts HEINZ from command line. The HEINZ folder has to  include the heinz.py python script and the dhea file. CPLEX has to be installed and accessible from the computer R runs on.  
命令行的功能从亨氏。亨氏夹有包括在heinz.py的的python脚本和DHEA文件。 CPLEX有要安装和从计算机ŕ上运行，访问。


用法----------Usage----------


runHeinz(heinz.folder="", heinz.e.file, heinz.n.file, N=TRUE, E=FALSE, diff=-1, n=1)



参数----------Arguments----------

参数：heinz.folder
The folder which contains the heinz.py python script and the dhea file.  
文件夹其中包含heinz.py的python脚本和DHEA文件。


参数：heinz.e.file
The HEINZ edge input file. See writeHeinzEdges  
亨氏边输入文件。看到writeHeinzEdges


参数：heinz.n.file
The HEINZ node input file. See writeHeinzNodes   
亨氏节点的输入文件。看到writeHeinzNodes


参数：N
Boolean value, whether to run HEINZ on nodes.  
布尔值，是否亨氏节点上运行。


参数：E
Boolean value, whether to run HEINZ on edges. HEINZ can run on both with N and E set to TRUE.  
布尔值，是否亨氏边缘上运行。海因茨可以运行N和E组为TRUE。


参数：diff
Difference of suboptimal solutions to optimal solution in haming distance in percent. Parameter is set to -1 for optimal solution.
最理想的解决方案，以最佳的解决方案在haming％的距离的差异。参数设置为-1为最佳的解决方案。


参数：n
Number of optimal and suboptimal solutions, the standard n=1 delivers only the optimal solution.
标准的n = 1的最优和次优的解决方案的数量，只提供最佳的解决方案。


Details

详情----------Details----------

This function starts the integer linear programming algorithm to calculate the optimal scoring subnetwork. The algorithm might be started in the command line when the CPLEX is installed on another machine. To start it from command line use: heinz.py -e edge.file.txt -n node.file.txt -E False/True -N False/True. The results can be loaded with readHeinzTree, readHeinzGraph as a graph object.
此功能启动的整数线性规划算法计算出最佳的得分子网。 CPLEX是安装在另一台机器上时，在命令行中，该算法可以开始。要开始使用命令行：heinz.py-êedge.file.txt的-N-E的node.file.txt假/真 -  N FALSE / TRUE。可装载readHeinzTree，readHeinzGraph作为一个图形对象的结果。


作者（S）----------Author(s)----------



Daniela Beisser




参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

writeHeinzEdges, writeHeinzNodes, readHeinzTree,  readHeinzGraph
writeHeinzEdges，writeHeinzNodes，readHeinzTree，readHeinzGraph

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。