R语言 BioNet包 runFastHeinz()函数中文帮助文档(中英文对照)

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runFastHeinz(BioNet)
runFastHeinz()所属R语言包：BioNet

                                         Calculate heuristically maximum scoring subnetwork
                                         计算启发式最高得分子网

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function uses an heuristic approach to calculate the maximum scoring subnetwork. Based on the given network and scores the positive nodes are in the first step aggregated to meta-nodes between which minimum spanning trees are calculated. In regard to this, shortest paths yield the approximated maximum scoring subnetwork. This function can be used if a CPLEX license is not available to calculate the optimal solution.
函数使用一个启发式的方法来计算的最高得分子网。基于给定的网络和分数汇总到中继节点之间的最小生成树计算的第一步是阳性淋巴结。在这方面，最短路径产生近似的最高得分子网。可以使用此功能，如果CPLEX牌照是不是可以计算出最佳的解决方案。


用法----------Usage----------


runFastHeinz(network, scores)



参数----------Arguments----------

参数：network
A graph in igraph or graphNEL format.  
在IGRAPH或graphNEL格式的图形。


参数：scores
A named vector, containing the scores for the nodes of the network. All nodes need to be scored in order to run the algorithm.  
一个命名为向量，包含网络节点的分数。所有节点必须拿下才能运行的算法。


值----------Value----------

A subnetwork in the input network format.
一个子网中输入网络格式。


作者（S）----------Author(s)----------



Daniela Beisser




参见----------See Also----------

writeHeinzEdges, writeHeinzNodes, readHeinzTree,  readHeinzGraph, runHeinz
writeHeinzEdges，writeHeinzNodes，readHeinzTree，readHeinzGraph，runHeinz


举例----------Examples----------


library(DLBCL)
# load p-values[加载p-值]
data(dataLym)
# load graph[负载图]
data(interactome)
# get induced subnetwork for all genes contained on the chip[在芯片上包含的所有基因诱导子网]
interactome <- subNetwork(dataLym$label, interactome)
p.values <- dataLym$t.pval
names(p.values) <- dataLym$label
bum <- fitBumModel(p.values, plot=TRUE)
scores <- scoreNodes(network=interactome, fb=bum, fdr=0.0001)
module <- runFastHeinz(network=interactome, scores=scores)
## Not run: plotModule(module)[＃不运行：plotModule（模块）]

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