readHeinzGraph(BioNet)
readHeinzGraph()所属R语言包:BioNet
Convert HEINZ output to graph
亨氏输出转换到图
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Function to convert the HEINZ output to a graph object, or if the output is in matrix form, it will create a list of graphs. The function needs the node and the original network, from which the module is calculated.
函数来转换亨氏输出一个图形对象,或如果输出是矩阵形式,它会创建一个图形列表。该功能需要节点,原有的网络,从该模块计算。
用法----------Usage----------
readHeinzGraph(node.file, network, format=c("graphNEL", "igraph"))
参数----------Arguments----------
参数:node.file
Heinz node output file.
亨氏节点的输出文件。
参数:network
Original network from which Heinz input was created.
从亨氏输入创建的原始网络。
参数:format
Graph format of output, either igraph or graphNEL.
图表格式输出,要么IGRAPH或graphNEL。
值----------Value----------
Graph object.
图形对象。
作者(S)----------Author(s)----------
Daniela Beisser
举例----------Examples----------
library(DLBCL)
data(interactome)
# precomputed Heinz output files[预计算亨氏输出文件]
## Not run: lib <- file.path(.path.package("BioNet"), "extdata") [#无法运行库< - file.path(path.package(“生物网”),“extdata”)]
module <- readHeinzGraph(node.file=file.path(lib, "lymphoma_nodes_001.txt.0.hnz"), network=interactome, format="graphNEL");
plotModule(module);
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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注:
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