R语言 biomaRt包 useMart()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

useMart(biomaRt)
useMart()所属R语言包：biomaRt

                                        Connects to the selected BioMart database and dataset
                                         连接到的的选定BioMart数据库和数据集

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A first step in using the biomaRt package is to select a BioMart database and dataset to use.  The useMart function enables one to connect to a specified BioMart database and dataset within this database.  To know which BioMart databases are available see the listMarts function.  To know which datasets are available within a BioMart database, first select the BioMart database using useMart and then use the listDatasets function on the selected BioMart, see listDatasets function.
一个使用的biomaRt包的第一步是选择一个BioMart数据库和数据集使用。 useMart功能可以在这个数据库连接到指定的BioMart数据库和数据集。要知道哪些BioMart数据库看到listMarts功能。要知道这集是内BioMart数据库，首先选择BioMart数据库使用useMart，然后使用对选定BioMart的listDatasets功能，看到listDatasets功能。


用法----------Usage----------


path="/biomart/martservice", port=80, archive=FALSE, ssl.verifypeer =



参数----------Arguments----------

参数：biomart
BioMart database name you want to connect to. Possible database names can be retrieved with the functio listMarts
BioMart你要连接的数据库名称。可能的数据库名称，可以检索与函数listMarts


参数：dataset
Dataset you want to use.  To see the different datasets available within a biomaRt you can e.g. do:  mart = useMart('ensembl'), followed by listDatasets(mart).
你要使用的数据集。看到不同的数据集，你可以如在biomaRt做到：集市= useMart（“ENSEMBL），由listDatasets（集市）。


参数：host
Host to connect to if different then www.biomart.org
主机连接然后www.biomart.org如果不同


参数：path
Path that should be pasted after to host to get access to the web service URL
应粘贴后举办以获得Web服务的URL路径


参数：port
port to connect to, will be pasted between host and path
主机和路径之间的端口连接到，将被粘贴


参数：archive
Boolean to indicate if you want to access archived versions of BioMart databases.  Note that this gives access to only a limited number of archived BioMarts and the most recent archives are often not available. A better alternative is to leave archive = FALSE and to specify the url of the archived BioMart you want to access see vignette for an example.
布尔值，指示，如果您要访问的存档BioMart数据库版本。请注意，这给进入到只有归档BioMarts的数量有限，往往无法获得的最近期的档案。一个更好的选择是离开存档= FALSE，你要访问看到的一个例子暗角归档BioMart指定的URL。


参数：ssl.verifypeer
Set SSL peer verification on or off.  By default ssl.verifypeer is set to TRUE
设置对同行的SSL验证或关闭。默认情况下，ssl.verifypeer设置为TRUE


参数：version
Use version name instead of biomart name to specify which BioMart you want to use
使用版本的名称，而不是biomart名称指定你要使用这BioMart


参数：verbose
Give detailed output of what the method is doing while in use, for debugging
给出的方法是做什么，在使用时的详细输出，用于调试


作者（S）----------Author(s)----------


Steffen Durinck



举例----------Examples----------


if(interactive()){

mart = useMart("ensembl")
mart=useMart(biomart="ensembl", dataset="hsapiens_gene_ensembl")
}

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