data.form(TANOVA)
data.form()所属R语言包:TANOVA
Convert input data into appropriate format for TANOVA
将输入数据转换成合适的格式TANOVA
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is an internal function to be called by tanova to format input data into appropriate format.
这是一个内部函数被调用tanova格式的输入数据转换成合适的格式。
用法----------Usage----------
data.form(data, f1, f2, tp)
参数----------Arguments----------
参数:data
data matrix (gene * array). Each row is a gene. Each column is an array. If data is longitudinal (e.g., time course measurements from patients), arrays from same experimental units (e.g. patient) should be next to each other (but not necessary in time course order.
数据矩阵(基因阵列)。每一行是一个基因。每一列是一个数组。如果是纵向的(例如,从患者的时间过程的测量)的数据,从相同的实验单位(如病人)的阵列应该是彼此相邻的(但不是必需的时间过程顺序。
参数:f1
a vector of length equal to the number of arrays. Each entry indicates the level of the first factor for corresponding array. The values of f1 should be numeric 1,2,3...
一个向量的长度等于阵列的数目。每个条目表示相应的数组中的第一因子的水平。的f1的值应是数字1,2,3 ...
参数:f2
a vector of length equal to the number of arrays. Each entry indicates the level of the second factor for the corresponding array. The values of f2 should be numeric 1,2,3... If there's only one factor, let f2=0.
一个向量的长度等于阵列的数目。每个条目表示的电平相应的数组的第二个因素。 F2的值是数字1,2,3 ...如果只是其中一个因素,让F2 = 0。
参数:tp
a vector of length equal to the number of arrays. Each entry indicates the time point for the corresponding array. The values of tp should be numeric 1,2,3 ... For non-time course data, let tp=0.
一个向量的长度等于阵列的数目。每个条目表示的时间点相应的数组。 TP值是数字1,2,3 ...对于非时间当然数据,让总磷= 0。
值----------Value----------
The output is a list object. <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>d</td> <td> data matrix. nrow=#genes*#time points, ncol=factor levels (#factor1*#factor2). Rows are ordered by gene name and then by time points.</td></tr> <tr valign="top"><td>fc1</td> <td> a vector of length equal to the number of arrays divided by the number of time points. Each entry indicates the level of the first factor for the group of arrays with the same combination of factor levels. The values of fc1 should be numeric 1,2,3...</td></tr> <tr valign="top"><td>fc2</td> <td> a vector of length equal to the number of arrays divided by the number of time points. Each entry indicates the level of the first factor for the group of arrays with the same combination of factor levels. The values of fc1 should be numeric 1,2,3...</td></tr> </table>
输出是一个列表对象。 <table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> d</ TD> <TD>数据矩阵。 NROW =#基因*#时间点,NCOL因子水平(#因子*#因数的)。行按基因的名称,然后按时间点。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD> fc1</ TD> <td>一个向量的长度等于时间点的数目除以阵列的数目。每个条目表示的电平的第一因子因子水平的相同的组合的组中的数组。 FC1的值是数字1,2,3 ... </ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD>fc2 </ TD> <td>一个向量的长度等于时间点的数目除以阵列的数目。每个条目表示的电平的第一因子因子水平的相同的组合的组中的数组。 FC1的值是数字1,2,3 ... </ TD> </ TR> </ TABLE>
(作者)----------Author(s)----------
Baiyu Zhou <a href="mailto:zhouby98@stanford.edu">zhouby98@stanford.edu</a> & Weihong xu <a href="mailto:weihongx@stanford.edu">weihongx@stanford.edu</a>
参见----------See Also----------
tanova
tanova
实例----------Examples----------
##f1=rep(1:2, each=8)[#F1 = REP(1:2,每= 8)]
##f2=rep(c(1,2,1,2), each=4)[#F2 = REP(三(1,2,1,2),每= 4)]
##tp=rep(1:4, 4)[#TP = REP(1:4,4)]
##data=matrix(rnorm(16*1000), nrow=1000, ncol=16)[#数据=矩阵(rnorm(16 * 1000),NROW = 1000,NCOL = 16)]
##formated.data=data.form(data,f1,f2,tp)[#formated.data = data.form(数据,F1,F2,TP)]
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注:
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