getBMlist(biomaRt)
getBMlist()所属R语言包:biomaRt
Retrieves information from the BioMart database
检索从BioMart数据库的信息
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is the main biomaRt query function. Given a set of filters and corresponding values, it retrieves the user specified attributes from the BioMart database one is connected to
此函数是的主要biomaRt查询功能。鉴于一组过滤器和相应的值,检索从BioMart数据库的一个连接到用户指定的属性
用法----------Usage----------
getBMlist(attributes, filters = "", values = "", mart, list.names = NULL, na.value = NA, verbose = FALSE, giveWarning = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:attributes
Attributes you want to retrieve. A possible list of attributes can be retrieved using the function listAttributes.
属性,你要检索。可能的属性列表可以检索使用功能listAttributes。
参数:filters
Filters (one or more) that should be used in the query. A possible list of filters can be retrieved using the function listFilters.
应在查询中使用的过滤器(一个或多个)。可能的过滤器列表可以检索使用功能listFilters。
参数:values
Values of the filter, e.g. vector of affy IDs. If multiple filters are specified then the argument should be a list of vectors of which the position of each vector corresponds to the position of the filters in the filters argument.
过滤器的值,例如矢量affy标识。如果指定了多个过滤器,则该参数应该是一个向量列表,其中每个向量的位置对应的过滤器在过滤器参数的位置。
参数:mart
object of class Mart, created with the useMart function.
对象类沃尔玛与useMart功能,。
参数:list.names
names for objects in list
列表中的对象名
参数:na.value
value to give when result is empty
值给结果是空的时
参数:verbose
When using biomaRt in webservice mode and setting verbose to TRUE, the XML query to the webservice will be printed.
当使用Web服务模式biomaRt和详细设置为TRUE,XML查询到WebService将被打印。
参数:giveWarning
Gives a warning about best practices of biomaRt and recommends using getBM instead of getBMlist
给出了警告有关的biomaRt的最佳做法,并建议使用getBM代替getBMlist
作者(S)----------Author(s)----------
Steffen Durinck
举例----------Examples----------
if(interactive()){
mart <- useMart("ensembl")
datasets <- listDatasets(mart)
}
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
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