KLD.matrix(bioDist)
KLD.matrix()所属R语言包：bioDist
Continuous version of Kullback-Leibler Distance (KLD)
连续版本的Kullback-Leibler距离（KLD的）
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculate KLD by estimating by smoothing \log(f(x)/g(x))*f(x) and then integrating.
计算平滑\log(f(x)/g(x))*f(x)然后整合估计科利达。
用法----------Usage----------
KLD.matrix(x, ...)
参数----------Arguments----------
参数：x
n by p matrix or list or an object of a class that extends eSet; if x is an an object of a class that extends eSet (eg ExpressionSet), then the function works against its 'exprs' slot.
n的p矩阵或列表或一个类，扩展ESET的对象，如果x是一个类，扩展ESET对象（如ExpressionSet），然后对其exprs“槽功能。
参数：...
arguments passed to KLD.matrix:
参数传递KLD.matrix：
methoduse locfit or density to estimate integrand; default is c("locfit", "density")(i.e. both methods).
methoduselocfit或density估计积;默认是c（“locfit”，“密度”）（即两种方法）。
suppupper and lower limits of the integral; default is NULL in which case the limits of the integral are calculated from the range of the data.
suppupper和积分下限范围内的数据计算积分的限制，在这种情况下，默认值为NULL。
subdivisionssubdivisions for the integration; default is 1000.
subdivisionssubdivisions为一体，默认为1000。
diagif TRUE, then the diagonal of the distance matrix will be displayed; default is FALSE.
真diagif，然后在距离矩阵的对角线将显示，默认为false。
upperif TRUE, then the upper triangle of the distance matrix will be displayed; default is FALSE.
upperif为TRUE，然后在距离矩阵的上三角将显示默认为false。
samplefor ExpressionSet methods: if TRUE, then distances are computed between samples, otherwise, they are computed between genes.
samplefor ExpressionSet方法：如果为TRUE，那么距离计算样本之间，否则，他们之间的基因计算。
Details
详情----------Details----------
The distance is computed between rows of the input matrix (except if the input is an object of a class that extends eSet and sample is TRUE.
输入矩阵的行之间的距离计算（除非输入的是一个对象的一个类，扩展Eset和sample是TRUE。
The presumption is that all samples have the same number of observations. The list method is meant for use when samples sizes are unequal.
推定的是，所有样品有相同数量的意见。列表的方法是使用时，样本大小是不平等的。
值----------Value----------
An object of class dist with the pairwise, between rows, Kullback-Leibler distances.
一个对象类dist成对的，行与行之间的Kullback-Leibler距离距离。
作者（S）----------Author(s)----------
Beiying Ding, Vincent Carey
参见----------See Also----------
cor.dist, spearman.dist, tau.dist, dist,
cor.dist，spearman.dist，tau.dist，dist
举例----------Examples----------
x <- matrix(rnorm(100), nrow = 5)
KLD.matrix(x, method = "locfit", supp = range(x))
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-25 13:32:30
