R语言 Biobase包 SnpSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SnpSet(Biobase)
SnpSet()所属R语言包：Biobase

                                         Class to Contain Objects Describing High-Throughput SNP Assays.
                                         一类含有高通量的SNP检测对象描述。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Container for high-throughput assays and experimental metadata. SnpSet class is derived from eSet, and requires matrices call,
高通量的检测和试验的元数据的容器。 SnpSeteSet类派生，并要求矩阵call，


延伸----------Extends----------

Directly extends class eSet.
直接延伸类eSet。


创建对象----------Creating Objects----------

new('SnpSet',     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     experimentData = [MIAME],     annotation = [character],     protocolData = [AnnotatedDataFrame],     call = [matrix],     callProbability = [matrix],     ...)   
new('SnpSet',     phenoData = [AnnotatedDataFrame],     experimentData = [MIAME],     annotation = [character],     protocolData = [AnnotatedDataFrame],     call = [matrix],     callProbability = [matrix],     ...)   

SnpSet instances are usually created through new("SnpSet", ...). Usually the arguments to new include call (a matrix of genotypic calls, with features (SNPs) corresponding to rows and samples to columns), phenoData, experimentData, annotation, and protocolData.  phenoData, experimentData, annotation and protocolData can be missing, in which case they are assigned default values.
SnpSet实例通常是创建new("SnpSet", ...)。一般new参数call（的基因型分型的功能（SNPs）的矩阵，相应的行和列样品），phenoData，experimentData，annotation，protocolData。 phenoData，experimentData，annotation和protocolData可以丢失，在这种情况下，他们被分配默认值。


插槽----------Slots----------

Inherited from eSet:
继承自eSet




assayData: Contains matrices with equal dimensions, and with column number equal to nrow(phenoData). assayData must contain a matrix call with rows representing features (e.g., SNPs) and columns representing samples, and a matrix callProbability describing the certainty of the call. The content of call and callProbability are not enforced by the class. Additional matrices of identical size may also be included in
assayData：包含与同等尺寸的矩阵，列数等于nrow(phenoData)。 assayData必须包含一个矩阵行与代表功能（如SNPs）和列代表样本call，矩阵callProbability描述呼叫确定性。 call和callProbability不执行类的内容。也可能包括在大小相同的额外矩阵




phenoData: See eSet
phenoData：见eSet




experimentData: See eSet
experimentData：见eSet




annotation: See eSet
annotation：见eSet




protocolData: See eSet
protocolData：见eSet


方法----------Methods----------

Class-specific methods:
类的具体方法：




snpCall(SnpSet), snpCall(SnpSet,matrix)<- Access and set elements named call in the AssayData
snpCall(SnpSet)，snpCall(SnpSet,matrix)<-访问集合中元素的名为callAssayData




exprs(SnpSet), exprs(SnpSet,matrix)<- Synonym
exprs(SnpSet)，exprs(SnpSet,matrix)<-别名

snpCallProbability<-(SnpSet,matrix)<-</dt>  Access and set elements named callProbability in the AssayData
snpCallProbability<-(SnpSet,matrix)<-</ DT>访问和设置元素命名为callProbabilityAssayData了

Derived from eSet:
来自eSet：




updateObject(object, ..., verbose=FALSE) Update instance to current version, if necessary. See updateObject and eSet
updateObject(object, ..., verbose=FALSE)实例更新到当前版本，如果有必要的。看到updateObject和eSet




isCurrent(object) Determine whether version of object is current. See isCurrent
isCurrent(object)确定对象是否是最新的版本。看到isCurrent




isVersioned(object) Determine whether object contains a 'version' string describing its structure . See isVersioned
isVersioned(object)确定是否对象包含一个版本字符串，来描述它的结构。看到isVersioned




sampleNames(SnpSet) and sampleNames(SnpSet)<-: See eSet
sampleNames(SnpSet)和sampleNames(SnpSet)<-：见eSet




featureNames(SnpSet), featureNames(SnpSet, value)<-: See eSet
featureNames(SnpSet)，featureNames(SnpSet, value)<-：见eSet




dims(SnpSet): See eSet
dims(SnpSet)：见eSet




phenoData(SnpSet), phenoData(SnpSet,value)<-: See eSet
phenoData(SnpSet)，phenoData(SnpSet,value)<-：见eSet




varLabels(SnpSet), varLabels(SnpSet, value)<-: See eSet
varLabels(SnpSet)，varLabels(SnpSet, value)<-：见eSet




varMetadata(SnpSet), varMetadata(SnpSet,value)<-: See eSet
varMetadata(SnpSet)，varMetadata(SnpSet,value)<-：见eSet




pData(SnpSet), pData(SnpSet,value)<-: See eSet
pData(SnpSet)，pData(SnpSet,value)<-：见eSet




varMetadata(SnpSet), varMetadata(SnpSet,value) See eSet
varMetadata(SnpSet)，varMetadata(SnpSet,value)eSet




experimentData(SnpSet),experimentData(SnpSet,value)<-: See eSet
experimentData(SnpSet)，experimentData(SnpSet,value)<-：见eSet




pubMedIds(SnpSet), pubMedIds(SnpSet,value) See eSet
pubMedIds(SnpSet)，pubMedIds(SnpSet,value)eSet




abstract(SnpSet): See eSet
abstract(SnpSet)：见eSet




annotation(SnpSet), annotation(SnpSet,value)<- See eSet
annotation(SnpSet)，annotation(SnpSet,value)<-eSet




protocolData(SnpSet), protocolData(SnpSet,value)<- See eSet
protocolData(SnpSet)，protocolData(SnpSet,value)<-eSet




combine(SnpSet,SnpSet): See eSet
combine(SnpSet,SnpSet)：见eSet




storageMode(eSet), storageMode(eSet,character)<-: See eSet
storageMode(eSet)，storageMode(eSet,character)<-：见eSet

Standard generic methods:
标准的通用方法：




initialize(SnpSet): Object instantiation, used by new; not to be called directly by the user.
initialize(SnpSet)：对象实例化，使用new不被由用户直接调用。




validObject(SnpSet): Validity-checking method, ensuring that call and callProbability is a member of assayData. checkValidity(SnpSet) imposes this validity check, and the validity checks of eSet.
validObject(SnpSet)：有效性检查方法，确保call和callProbability是assayData的成员。 checkValidity(SnpSet)对这种有效性检查，检查的eSet和有效性。




show(SnpSet) See eSet
show(SnpSet)见eSet




dim(SnpSet), ncol See eSet
dim(SnpSet)，ncoleSet




SnpSet[(index): See eSet
SnpSet[(index)：见eSet




SnpSet$, SnpSet$<- See eSet
SnpSet$，SnpSet$<-eSet


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan, V.J. Carey, after initial design by R. Gentleman



参见----------See Also----------

eSet, ExpressionSet
eSet，ExpressionSet

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