testSet(BicARE)
testSet()所属R语言包：BicARE
Find gene sets that are enriched in a bicluster
查找基因在bicluster的丰富套
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Test of the over-representation of gene sets in the biclusters
代表基因测试在biclusters设置
用法----------Usage----------
testSet(resBic, geneSetCol)
参数----------Arguments----------
参数：resBic
a biclustering object created by FLOC
biclusteringFLOC创建对象
参数：geneSetCol
a GeneSetCollection-class
GeneSetCollection-class
Details
详情----------Details----------
The over-representation of a gene set in a bicluster is evaluated by an hypergeometric test.
代表在bicluster基因是由超几何测试评估。
The genes identifiers of the gene sets will automatically be mapped to the same as those used in the data.
基因组的基因标识将被自动映射到数据使用的相同。
Due to the amount of results it is advised to use the makeReport function to get a html report.
由于量的结果，建议使用makeReport函数得到一个HTML报告。
值----------Value----------
A biclustering object containing resBic and updated with the results of the tests in resBic$geneSet.
一个biclustering对象，其中包含resBic更新resBic$geneSet测试结果。
The results are presented as a list with :
结果是作为一个列表：
参数：GeneSetCollection
the GeneSetCollection used
GeneSetCollection使用
参数：pvalues
a matrix containing the pvalues of the tests for each geneSet and each bicluster
矩阵，包含每个geneSet和每个bicluster的测试pvalues
参数：adjpvalue
a matrix containing the p-values adjusted by the Benjamini Yekutieli procedure
矩阵包含P-值调整的Benjamini Yekutieli过程
作者（S）----------Author(s)----------
Pierre Gestraud <a href="mailto:pierre.gestraud@curie.fr">pierre.gestraud@curie.fr</a>
举例----------Examples----------
data(sample.biclustering)
gss <- GeneSetCollection(sample.biclustering$ExpressionSet[1:50,], setType=GOCollection())
resBic <- testSet(sample.biclustering, gss)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 13:16:50
