R语言 BicARE包 testAnnot()函数中文帮助文档(中英文对照)

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testAnnot(BicARE)
testAnnot()所属R语言包：BicARE

                                        Find samples annotations over-represented covariates in biclusters
                                         查找biclusters样品注解过代表共变数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Characterisation of the biclusters in term of over-representation of sample covariates.
样本协变量代表的任期biclusters表征。


用法----------Usage----------


testAnnot(resBic, annot=NULL, covariates="all")



参数----------Arguments----------

参数：resBic
a biclustering result from FLOC
从FLOC双分群结果


参数：annot
annotation matrix, default value is set to NULL, then phenoData of the ExpressionSet is used
注释矩阵，默认值设置为NULL，然后使用的ExpressionSet phenoData


参数：covariates
the names of the covariates that should be tested, default value is set to "all"
应测试的协变量的名称，默认值设置为“所有”


Details

详情----------Details----------

For each bicluster and each covariate a chi-squarred test is performed to test the adequation between the distribution of the levels of the covariates in the bicluster and in the original dataset.  
对于每个bicluster每个协卡，squarred测试进行测试adequation之间的水平在bicluster协变量的分布和原始数据集。

Multiple testing correction is performed by the Benjamini-Yekutieli procedure. The residuals of the tests indicate if the level is over or down represented in the bicluster.  
执行多个测试校正由Benjamini-Yekutieli过程。残差的测试表明，如果水平或下降的bicluster代表。

Due to the amount of results it is advised to use the makeReport function to get a html report.
由于量的结果，建议使用makeReport函数得到一个HTML报告。


值----------Value----------

A biclustering object containing resBic and updated with the results of the tests in resBic$covar.
一个biclustering对象，其中包含resBic更新resBic$covar测试结果。

The results are presented as a list with :
结果是作为一个列表：


参数：covar
the samples covariates tested
样本协变量测试


参数：pvalues
a matrix with the p-values of the tests
测试的P-值的矩阵


参数：adjpvalues
a matrix with the p-values adjusted by the Benjamini Yekutieli procedure
与P-值的矩阵由Benjamini Yekutieli程序调整


参数：index
a list of matrices with the numbers of each level in each bicluster
每个级别的数字矩阵在每个bicluster名单


参数：residuals
a list of matrices with the residuals of the tests for each modality in each bicluster
与每个模式的测试残差矩阵中每个bicluster列表


作者（S）----------Author(s)----------


Pierre Gestraud



举例----------Examples----------


data(sample.biclustering)
resBic <- testAnnot(sample.biclustering, annot=NULL, covariates=c("sex", "type"))

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