R语言 BGmix包 EstimatePi0()函数中文帮助文档(中英文对照)

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EstimatePi0(BGmix)
EstimatePi0()所属R语言包：BGmix

                                         Proportion of the variables under the null hypothesis
                                         比例的零假设下的变量

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate of the proportion of the variables under the null hypothesis using tail posterior probabilities
使用尾部的后验概率下的空假设变量的比例估计


用法----------Usage----------


EstimatePi0(tpp, pp0, plot = T)



参数----------Arguments----------

参数：tpp
observed tail posterior probability  
观察到尾部的后验概率


参数：pp0
a vector of tail posterior probability under H0
根据H 0向量尾部的后验概率


参数：plot
if True, estimated pi0 at different locations and the median estimate is plotted  
如果为True，估计在不同的地点PI0和中位数估计绘制


Details

详情----------Details----------

Use Storey (2002) approach to estimate pi0
使用楼层（2002）的方法来估计PI0


值----------Value----------

estimate of pi0 = proportion of non-differentially expressed genes
估计PI0非差异表达的基因=比例


作者（S）----------Author(s)----------


Natalia Bochkina



参考文献----------References----------

Tail posterior probability for inference in pairwise and multiclass gene expression data. Biometrics (in press).

参见----------See Also----------

TailPP, FDRplotTailPP,histTailPP
TailPP，FDRplotTailPP，histTailPP


举例----------Examples----------



data(ybar, ss)
nreps <- c(8,8)

## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
outdir <- BGmix(ybar, ss, nreps, jstar=-1, nburn=0, niter=100, nthin=1)

params <- ccParams(outdir)  
res <-  ccTrace(outdir)
  
tpp.res <- TailPP(res, nreps, params, plots  = FALSE)
pi0 <- EstimatePi0(tpp.res$tpp, tpp.res$pp0)


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