BGmix(BGmix)
BGmix()所属R语言包：BGmix
Fit the BGmix differential expression model.
适合的BGmix差异表达模型。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This is the main function of the BGmix package. It calls the C++ code which performs the MCMC to fit the BGmix model.
这是的BGmix包的主要功能。它调用的C + +代码执行的MCMC适合的BGmix的模型。
用法----------Usage----------
BGmix(ybar, ss, nreps, neffects = 2, xx = matrix(c(1, 1, -0.5, 0.5),
ncol = 2, byrow = T), ntau = NULL, indtau = NULL, jstar = 1, niter =
10000, nburn = 10000, nthin = 10, seed = 12345, move.choice.bz = 4,
move.choice.aa = 1, move.choice.lam = 0, move.choice.tau = 1,
move.choice.eta = 1, trace.out = 1, trace.pred = 0, sig.aa = 0.1,
tau.eps = 50, lambda.up.init=1.5, lambda.down.init=1.5,
datafilename.ybar = NULL, xfilename = NULL, itfilename =
NULL, rundir=".")
参数----------Arguments----------
参数：ybar
matrix no. genes x no. experimental conditions. Mean log gene expression for each gene in each condition.
矩阵没有。基因X不。实验条件。平均每个基因在每个条件log基因表达。
参数：ss
matrix no. genes x no. experimental conditions. Sample variance of log gene expression for each gene in each condition.
矩阵没有。基因X不。实验条件。log基因表达每个基因在每个条件的样本方差。
参数：nreps
vector containing the number of replicate arrays in each experimental condition
向量复制阵列的数量，在每一个实验条件
参数：neffects
number of effect parameters per gene (eg. 2 for unpaired differential expression)
每个基因的作用参数的数量（如未成差异表达2）
参数：xx
design matrix: no. effects x no. experimental conditions. See Vignette for specification of design matrix. Default is for unpaired differential expression.
设计矩阵：没有。影响X不。实验条件。规范设计矩阵，看到小插曲。默认是未配对的差异表达。
参数：ntau
number of variances per gene
每个基因的差异数
参数：indtau
label for each condition indicating which variance grouping that condition belongs to. See Vignette for more detail.
标签为每个显示方差分组情况属于条件。看到更详细的小插曲。
参数：jstar
Label of the effect parameter which has the mixture prior. Labels start at 0, as in C++. If no parameter has a mixture prior, set jstar=-1.
标签的混合物之前的效果参数。标签从0开始，在C +。如果没有参数有一个混合前，设置：jstar = -1。
参数：niter
no. MCMC iterations after burn-in. This must be at least 100 for the function to work (or else set to zero).
没有。老化后的MCMC迭代。这必须是至少100函数的工作（或者设置为零）。
参数：nburn
no. MCMC iterations for burn-in. This must be at least 100 for the function to work (or else set to zero).
没有。老化的MCMC迭代。这必须是至少100函数的工作（或者设置为零）。
参数：nthin
thinning parameter for MCMC iterations
细化参数的MCMC迭代
参数：seed
initial value for random seed
初始值的随机种子
参数：move.choice.bz
indicates choice of mixture prior: 1 for point mass null + Uniform alternatives, 4 for point mass null + Gamma alternatives, 5 for small Normal null + Gamma alternatives
表示混合前的选择：1点质量NULL +统一的替代品，4点大规模空+伽玛替代品，5为普通小空+伽玛替代
参数：move.choice.aa
if this is 1, hyperparameter a for gene variances is updated, if this is 0 it is fixed.
如果这是1，hyperparameter基因变异被更新，如果这是0，它是固定的。
参数：move.choice.lam
if this is 1, hyperparameter lambda for mixture prior is updated, if this is 0 it is fixed.
如果这是1，hyperparameter混合物的lambda之前被更新，如果这是0它是固定的。
参数：move.choice.tau
indicates choice of prior on gene variances: 1 for Inverse Gamma, 2 for log Normal.
表示逆Gamma，log正常2基因变异前的选择：1。
参数：move.choice.eta
if this is 1, hyperparameter eta for mixture prior is updated, if this is 0 it is fixed.
如果这是1，hyperparameter埃塔混合物前被更新，如果这是0它是固定的。
参数：trace.out
if this is 1, output trace of model parameters, if this is 0, no output.
如果这是1，输出跟踪模型参数，如果是0，没有输出。
参数：trace.pred
if this is 1, output trace of predictive quantities, if this is 0, no output.
如果这是1，输出跟踪预测的数量，如果这是0，没有输出。
参数：sig.aa
step-size in random walk update for a (hyperparameter for gene variances distribution)
步长（hyperparameter基因变异的分布）随机游动的更新
参数：tau.eps
Value of epsilon used in the small Normal null mixture component.
epsilon值用在普通的小空混合组件。
参数：lambda.up.init
init or fixed value of lambda+ (parameter of Gamma mixture component)
init或固定值的lambda +（伽玛混合元件的参数）
参数：lambda.down.init
init or fixed value of lambda- (parameter of Gamma mixture component)
init或固定值λ-（伽玛混合元件的参数）
参数：datafilename.ybar
character. Name describing the data set (by default this is taken from the name of the ybar argument).
字符。名称描述数据集（默认情况下，这个从的ybar参数的名称）。
参数：xfilename
character. Name describing the design matrix.
字符。命名的设计矩阵描述。
参数：itfilename
character. Name describing the indtau parameter.
字符。名称描述indtau参数。
参数：rundir
character. Path for saving output files. A new sub-directory is created in the rundir directory.
字符。保存输出文件的路径。 rundir目录中创建一个新的子目录。
Details
详情----------Details----------
The C++ code writes a count down on the screen, to give an indication of how long the code has to run. Output is written to a sub-directory of the working directory. This sub-directory is created automatically, and its name is printed by the C++ code to the screen.
C + +代码写一个计数在屏幕上显示的代码运行多久。输出写入到一个工作目录的子目录。本次目录自动创建的，它的名字被印在C + +代码在屏幕上。
值----------Value----------
The output directory is returned (character).
返回的输出目录（字符）。
作者（S）----------Author(s)----------
Alex Lewin
参考文献----------References----------
mixture model for differential gene expression: simulations and model checks.
举例----------Examples----------
## Note this is a very short MCMC run![＃注意：这是一个很短的MCMC运行！]
## For good analysis need proper burn-in period.[＃为了获得良好的分析，需要适当的老化期。]
data(ybar,ss)
BGmix(ybar, ss, c(8,8), nburn=0, niter=1000, nthin=1)
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 13:11:57
